Археологічний музей міста Айос-Ніколаос знаходиться на північ від озера Вулісмені по вулиці Палеолога, 74, в декількох хвилинах ходьби від центру міста. Музей був заснований в 1970 році і володіє багатою колекцією археологічних знахідок префектури Ласити.

Експозиція музею розміщується у восьми виставкових залах і охоплює величезний історичний період від неоліту і до римської епохи. Музейна колекція включає в себе кераміку, вироби з каменю, скульптури, статуетки, побутове начиння, різноманітні похоронні артефакти, золоті прикраси, вироби з бронзи і слонової кістки, експонати з рідкісного дитячого поховання і багато іншого.

Самим вражаючим експонатом музею є череп молодої людини, знайдений на римському кладовищі в районі Потамос неподалік від міста. Череп датується 1-м століттям н. е. і увінчаний золотою діадемою у вигляді оливкових листя. У роті черепа перебувала срібна монета з міста Полиринья (західний Крит), випуск якої був приурочений до правління римського імператора Тиберія. Монета, згідно давньої традиції, була платою перевізнику душ Харону в підземний світ Аїд через ріку Стікс.

Особливий інтерес представляють артефакти, виявлені при розкопках мінойського кладовища з Агіа Фотія. Це доісторичний кладовище, на якому було знайдено 260 мінойських могил, є місцем найбільших археологічних розкопок острова Крит. Знайдені тут 1600 різних судин виконані без використання гончарного круга і по своїй стилістиці схожі з кикладским мистецтвом.

Представлені в музеї і знахідки з мінойського поселення Міртос, серед яких найбільш значущим вважається «Богиня Міртос» - посудина у вигляді жіночої фігури. Також у музеї експонуються артефакти з мінойського палацу в Малії, включаючи чудовий кам'яний посудина у формі раковини Тритона.

Археологічний музей Айос-Ніколаос є одним з найважливіших музеїв острова Крит.