Головна визначна пам'ятка острова і музею - архітектурний ансамбль, що складається з двох церков та дзвіниці. Вершиною російського дерев'яного зодчества є літня церква Преоброжения Господнього. Церква вінчають 22 розділу. Вони оброблені лемешем - пластинами з осики, яка на сонці відливає сріблом. Висота церкви - 37 метрів. В ній зберігся унікальний іконостас XVIII ст.

Друга церква ансамблю - зимова, в честь Покрова Божої Матері - побудована через півстоліття після Преображенської. Церква вінчають дев'ять главок.

Обидві церкви досить просторі, особливо Преображенська. Тут в трапезних проводилися сходи селян з найближчих сіл, складали Кижский цвинтар. Існуючий четырехглавый іконостас Покровської церкви складається з справжніх ікон, багато з яких написані спеціально для цього храму. Найстаріша з них датується XVI ст. У Покровській церкві проходять богослужіння протягом літа і до самого Покриву.

В єдиний архітектурний ансамбль з двох головних церков Кіжского цвинтаря гармонійно вписується шатрова дзвіниця з дзвіницею. Побудована вона в 1862-1874 рр. досить традиційно: восьмерик на четверику, який увінчаний хрестом. Висота дзвіниці 30 метрів. З неї відкривається прекрасний вид на околиці і водну гладь Онезького озера.

Однією з найдавніших пам'яток дерев'яного зодчества Російської Півночі є клетская церква Воскресіння Лазаря (1244-1352 рр.), привезена на острів з Муромського монастиря в 1959 р. Вважається, що зрубана вона була самим святим Лазарем Муромським. Це просте будову, без розділу нагадує звичайну невелику хату з двосхилим дахом.

Коли наближаєшся до острова, то крім головного архітектурного ансамблю, який відразу ж привертає увагу туристів своєю величавістю, тут і там бачиш каплички, а також селянські хати і господарські будівлі, комори, млини, лазні, більшість з яких побудовані в XIX - на початку XX ст. Їх привезли сюди з сусідніх сіл. У центрі музейної експозиції знаходиться каплиця Архангела Михайла (початок XVIII ст.), перевезена з села Леликозеро. У капличці зусиллями співробітників музею та реставраторів відновлений справжній інтер'єр. Церква прикрашає двох'ярусний тябловый іконостас і так зване «небо», в центрі якого знаходиться ікона Спаса Вседержителя.