Військові гарнізони, які захищали монастир під час польсько-литовської облоги 1608-1610 років, розміщуються поруч по західний бік лаври і утворюють Стрілецьку і Пушкарскую слободи. Зусиллями мешканців цих земель до 1645 році тут з'являється дерев'яна церква на честь Казанської ікони Божої Матері. У храмі освячено приділ на честь Іллі Пророка, на ім'я якого засновник монастиря Сергій Радонезький прагнув створити церкву, але за життя йому це не вдалося.

У 1727 році Іллінський приділ відокремлюють від Казанського храму і вибудовують заново неподалік вже окрему церкву. Але через дев'ятнадцять років сталася пожежа, яка повністю знищив обидві будівлі. Через рік парафіяни Іллінську церкву відновлюють, а на місці Казанської з'являється каплиця простояла тут п'ять років. В 1752 році замість каплиці знову зводять Казанський храм, який проіснував до середини XX століття. Нині церква Казанської Богоматері не існує.

У 1958 році занедбаний храм вирішено розібрати, а на його місці встановити хрест. Він нагадує про те, що тут знаходилося досить рідкісне ярусну споруда. Високий дерев'яний рубаний четверик був основою для піраміди з трьох восьмериків. Рожевий зовні храм з золоченими хрестом і главою всередині проглядався на всю висоту. Склепіння купола був майстерно розписаний лаврським майстром і старостою Іллінського храму Малишевим Іваном Матвеевичем, а іконостаси виконані його сином Костянтином.

Церква Іллі Пророка не тільки збереглася до нашого часу, але і стала єдиною в Сергієвому Посаді, яка діяла в радянський час. Кам'яної вона стала, починаючи з 60-х років XVIII століття. Цегла для церкви брали в монастирському олифленном дворі. У 1773 році лаврський ієромонах Павло провів обряд освячення храму пророка Іллі та його приділу на честь Дмитра Ростовського. Боковий вівтар в ім'я Іверської ікони Богоматері з'явився тут ще одне століття, в 1878 році.

Три обсягу, розташовані на одній осі і характерні для багатьох церков Сергієва Посада, утворюють і Іллінський храм. До кубічному четверику примикають зі сходу - висока напівкруглу апсиду, із заходу — широка трапезна з триярусною дзвіницею. Фігурна покрівля основного обсягу несе двочастинний барабан з невеликою банею. Стиль бароко, в якому виконано зовнішнє оздоблення церкви, проявляється у всій красі. Витіюваті білені лиштви численних вікон виділяються на червоному тлі стін. Доповнюють фасади портали, здвоєні пілястри і широкі карнизи. Склепіння і стіни інтер'єру Іллінського храму розписував Іван Малишев, а також цим майстром виконаний і п'ятиярусний золочений іконостас. У 1890-х роках церква набула ще дві прибудови: приміщення бібліотеки та духовий печі.

У 1946 році для Успенського собору Троїце-Сергієвої лаври Іллінська церква пожертвувала деякі видання з своєї бібліотеки і предмети церковного начиння, а також в монастирський храм перейшов один з парафіяльних хорів. У другій половині XX століття церква Іллі Пророка стала пам'яткою архітектури республіканського значення і взята державою під охорону. Зараз при храмі діє недільна школа та парафіяльна бібліотека.