У 1220 році земля, що оточувала село Падізе, була надана монастирю Дюнамюнде (сьогодні Даугавгріва на території Риги) в якості нагороди за те, що вихідці з цього монастиря допомогли привести до віри і хрещення місцевих жителів. Імовірно, спочатку була побудована капела (каплиця), яка, як вважається, була кам'яною. Принаймні є відомості, що 1310 р монахи просили у датського короля Еріка Менведа дозвіл на будівництво кам'яних будівель. Для розвитку релігійного життя села та обслуговування каплиці сюди прислали кілька ченців.

У 1317 році почалося активне будівництво церковних споруд в Падізе. Для робіт використовувався вазалеммайскій мармур, а пізніше валуни. Кам'яна стіна, що оточувала масивні монастирські споруди, залежала від рельєфу і слідувала руслу річки. Розвиток монастиря було призупинено у 1343 році в ніч під Юріїв день, коли відбулося повстання естонців. Тоді, згідно хроніці Германа Вартбергского, було вбито 28 ченців, і здійснений підпал будівель. Після повстання Данія передала Північну Естонію Ливонському ордену.

Цистерціанці вели аскетичний спосіб життя, не вживали в їжу м'ясо. Цистерціанці – католицький чернечий орден, який в 11 столітті від'єднався від бенедиктинського ордену. Для цістерціанскій чернець характерний споглядальний, аскетичний спосіб життя. Церкви цього ордена характеризуються повною відсутністю розкішних інтер'єрів, дорогоцінного начиння, живопису. Орден ставав настільки впливовим і відомим, що в 13 столітті вже налічував близько 200 монастирів, а до початку 14 століття їх кількість зросла до 700. У честь святого Бернарда Клервоського, який зіграв значну роль у становленні та розвитку ордену, майстри висікли на кам'яній консолі церкви образ цього святого разом з символом вірності – собакою. Цистерціанці створили в Падізе рибне господарство, яке включало в себе кілька ставків. Найвищого світанку монастир досяг у 1400 році.

Після Лівонської війни велика частина монастирських будівель виявилося зруйнованим. Відомо, що під час цієї війни настоятель монастиря був обезголовлений. З тих пір ходить легенда про живе тут привид монаха, який може з'явитися перед людьми у будь-який час дня і ночі.

Сьогодні руїни монастиря Падізе зазнали часткової реставрації. Кам'яна кладка законсервована від подальшого руйнування. Монастир відкритий для вільного огляду. Двір, а також сама будівля монастиря нерідко використовується для проведення вистав, концертів та весіль.