Радянський уряд після вибуху атомної бомби в Хирасиме і Нагасакі прийняло рішення побудувати в Балаклаві об'єкт, який у разі ядерного вибуху міг захистити людей і необхідну техніку. Ленінградським проектним інститутом було підготовлено проект захисного підземного притулку в Балаклаві. У 1853 році цей проект був особисто розглянуто Йосипом Сталіним, який власноруч завізував його.

У грудні 1953 року почалося будівництво секретного об'єкта. На це будівництво був запрошений військовий гірничо-будівельний загін ЧФ. Будівельникам доводилося працювати в три зміни при цілодобовому графіку. На допомогу цього загону в кінці 1955 року підключили ще один загін з Кавказу будівельників-метробудівців. Завод будували поетапно. План будівництва давали по частинах. Коли будівництво було закінчено, відбулося вилучення всієї документації на секретний об'єкт. З 1957 року в'їзд в Балаклаву відбувався за спеціальним дозволом. У 1961 році завершилося будівництво заводу. У 1963 році почалося будівництво Арсеналу. Арсенал представляв собою ремонтно-технічну базу, де готувалося озброєння для всіх підводних човнів, а також озброєння для надводних кораблів.

Після розвалу СРСР в березні 1995 року з бухти Балаклави вивели останню підводний човен. З того часу припинила своє існування Військово-морська база Балаклави.

В кінці 2002 року В Балаклаві почали створювати музей Збройних сил України. Музейний комплекс у Балаклаві відчинив свої двері для відвідувачів 1 червня 2003 року. На той момент у музеї був штат з 18 чоловік на чолі із завідувачем музейним комплексом «Балаклава» - В. Ф. Садовиченко. У цьому музеї експозиція розповідає про різні часи історії військово-морського флоту: Стародавній Риму і Стародавня Греція, Київська Русь, створення Російського та Українського флотів.

Виставка під назвою «Історія освіти Військових морських сил України та її становлення» відкрита з 1 серпня 2005 року. Її експозиція розповідає про те, як утворилися ВМС України. Музей має адмиральскими мундирами – Ст. Безкоровайного і Б. Кожина. Є деякі предмети з підводного човна «Запоріжжя»: радіобуй, дихальний апарат для індивідуального використання, зимова форма підводника. Також, в колекції музею є стенди з прапорами ВМС і Військових Сил України, а також різні види озброєння.