Історія музею Аквітанії в Бордо бере відлік у другій половині XVIII століття – з того моменту, як Академією Бордо був заснований музей кам'яної скульптури, в якому зберігалися залишки римського спадщини. Ці артефакти були знайдені під час земляних робіт в межах, які періодично проводилися в період з XVI по XVIII століття.

У 1963 році заклад було перейменовано в музей історії, археології та етнографії, а також стало відомо під назвою «музей Аквітанії». У 1987 році музей переїхав у будівлю колишнього факультету мистецтв та науки, яке було побудовано в кінці XIX століття на місці монастиря, відомого як місце поховання письменника і філософа Мішеля де Монтеня. Музей Аквітанії розташований недалеко від кафедрального собору Святого Андрія Первозванного.

У 2009 році в музеї були відкриті нові зали, присвячені такій складній темі в історії колоніальної Франції, як рабство і торгівля людьми. Бордо був другим після Нанта портом, через який в Європу прибували чорношкірі невільники. Всього через Бордо було доставлено близько 130 тисяч рабів. У музеї представлені документи та інші експонати, що розповідають про умови життя і праці рабів, покарання за заколоти і пагони.

В даний час площа музею становить понад 5000 кв. метрів, а збори експонатів налічує близько 70 тисяч одиниць зберігання. Всі ці предмети, документи, твори мистецтва представляють історію історичної області Аквітанія і її головного міста Бордо. Найдавніші експонати цієї колекції датуються доісторичною епохою, багато експонатів є свідченнями різних часів – римських, ранньохристиянських, Середньовіччя. Також в музеї можна побачити експозиції, присвячені морській історії Бордо, мистецтва народів країн Африки та Океанії.