Знаменитий краєзнавчий музей в місті Череповці був відкритий в 1896 році. Найпершими колекціями музею стали колекції, присвячені природознавства. Настільки популярні гербарії Петрова, М. Д. Коровіна, А. Антонова, А. Лашкевича є найстарішими експонатами і раритетами Музею природи. Особливо цікаві орнітологічні та ентомологічні збори Музею природи. Що стосується надійшли на початку цього століття ентомологічних колекцій Ю. Цехановича, то на даний момент вона повністю відповідає всім сучасним науковим вимогам.

Починаючи з 1907 року, було покладено початок формуванню палеонтологічної колекції музею. В цей час, в процесі будівництва гавані на річці Ягорбе, було виявлено величезну кількість кісток древніх викопних тварин. Саме ця колекція найбільшою мірою поповнилася в 40-70-ті роки під час будівництва заводу з переробки чорного і кольорового металу. Чимала кількість кісток мамонтів, вівцебиків і бізонів були виявлені в будівельних котлованах і кар'єрах.

Протягом 20-х років 20 століття, внаслідок бурхливого розвитку краєзнавчого руху у вивченні Вологодського краю, в процес включилася велика кількість місцевих ентузіастів. Музей природи організовував численні експедиції, пов'язані з вивченням флори і фауни. Благотворний вплив співпраці з Геологічним комітетом проявилося в геологічних вишукуваннях, а також глибоких изучениях родовищ будівельних матеріалів. Протягом усього часу Музей природи постійно поповнювався новими експонатами, наприклад, гербариями, гірськими породами, мінеральними копалинами, опудалами риб і звірів. Варто відзначити, що найбільший інтерес викликає колекція опудал тварин, в якій представлені опудала ведмедиці і чотирьох ведмежат, ведмедя-самця, лосі, рисі, лисиці, вовки, а також рідкісних птахів - орлана, орла, чаплі.

У 1936 році при Музеї природи був створений досвідчений ділянку ботаніків-краєзнавців. Ця ділянка використовувався для просування і пропаганди ідей Мічуріна В. В., а також новітньої агротехніки, став послідовним продовженням описуваної експозиції і включав в себе красивий і дивовижний сад безперервного і постійного цвітіння, теплиці, плодовий сад і великий виставковий павільйон.

З плином часу колекції музею тільки розширювалися, за рахунок не тільки роботи професійних препаратів та експедиційних зборів, але і завдяки подарункам привітних жителів міста Череповця. Мали місце бути і окремі колекції, наприклад, колекція молюсків Волкової А. В. або знаменита колекція муляжів грибів Манаєва А. Ф., які купувалися для того, щоб повністю оформити виставковий фонд музею.

Науково-допоміжний фонд Музею природи представлений величезним зібранням негативів і фотографій, авторами яких стали Березовський М. В., Михайлов В. Н., Шкуропадский Н.Д. і багато інші майстри своєї справи. Вони брали участь у безлічі конкурсів, а також публікувалися в самих різних журналах; їх роботи застосовувалися в оформленні альбомів, пов'язаних з природою, книгах, які розповідають про красу не тільки тутешніх місць, але і всієї Росії. Загальна кількість представлених у музеї експонатів, а також експонатів, що входять до музейного фонду, сягає більше тридцяти тисяч.

На даний момент Музей природи, розташований на другому поверсі будинку, розташованого по проспекту Луначарського. Площа музею становить 500 кв. м., при цьому експозиційна площа становить 360 кв. м. В музеї є невелике приміщення, призначене для занять і уроків дитячого лекторію. Експозиція побудована до свята сторіччя музею в місті Череповці і відображає всі природні риси та особливості Череповецького району, оповідає про місцеву природу.

На міцній базі колекцій і експозицій із запасних фондів проводиться колосальна робота, пов'язана з прийомом відвідувачів, переважно представлені студентами та школярами. Науковими співробітниками проводяться лекції, екскурсії, бесіди з сорока різних природознавчих виставок, темами, екологічних свят, семінарів і різного роду інших заходів.