Церква Сан Франческо в Гаэте була заснована послідовниками святого Франциска Ассизького в 1222 році. Її будівництво щедрими грошовими пожертвами підтримав король Карл II з Анжуйської династії, який був відданий заповітам святого Франциска. Величезна готична церква була завершена в 14-му столітті. Вона складається з центрального нефа з високими склепіннями, двох більш низьких бічних вівтарів, квадратного пресвітерія і апсиди в кінці. Як і багато інші церкви Гаэты, Сан Франческо була прикрашена творами мистецтва між 16-м і 18-м століттями. Всередині поховані члени деяких аристократичних родин міста та члени його іспанського уряду.

Після вторгнення на територію Апеннінського півострова Наполеона, який видав указ про розпуск всіх релігійних орденів і закриття церков і монастирів, церква Сан Франческо стала приходити в занепад. Навіть після реставраційних робіт, що проводилися з 1854-го по 1858 роки під керівництвом архітектора Гуаринелли, храм ще якийсь час був покинутий. Варто відзначити, що реставрація Сан Франческо проводилася під патронажем італійської королівської сім'ї, і в ній брали участь ті ж майстри, які працювали над храмом Сан-Франческо ді Паола в Неаполі.

Невеликої шкоди будівлі церкви було завдано в бурхливі 1860-е роки, коли відбувався процес об'єднання Італії, а в роки Другої Світової війни Сан Франческо постраждала значно більше. Наступні реставраційні роботи проводилися в 1951-52-му роках.

Потрапити в храм можна по сходах на верхній площадці якої, обнесеній поручнями, встановлено пам'ятник і з якої відкривається грандіозний вид на Гаэту і затоку. В центрі фасаду розташований великий портал з мармуровими статуями з боків – Карла II Неаполітанського і Фердинанда II. На тимпані видно алегоричне зображення відновлення папства, а зліва направо встановлені статуї святих Бернарда, Амвросія, Франциска, Августина і Фоми Аквінського. Усередині церкви знаходяться величезні гіпсові статуї Апостолів, а на вершині апсиди – Христа Спасителя. Окрасою Сан Франческо служить головний престол, спроектований Гуаринелли, і кілька картин з зображенням святих та біблійних сцен.

Ліворуч від церкви стоїть будівля, колись колишнє монастирем. В ньому зберігся клуатр 14-го століття. Великий внутрішній двір служив майданчиком для відпочинку, на якому навіть було футбольне поле.