Монастир був заснований донної Морою Діаш в 1280 році для черниць-кларисок. Монастир проіснував недовго, і в 1311 році він припинив своє існування. У 1316 році дружина короля Дініш I, королева Ізабелла Португальська, відновила цей монастир.

Королеву Ізабеллу Португальську називали ще «Святий королевою» з-за її виключної побожності і праведності. Королева так само славилася своїм добрим характером, засновувала лікарні, притулки і школи. Після смерті свого чоловіка, короля Дініш, вона пішла в монастир. А в 1336 році королева померла і була похована в монастирі в гробниці, прикрашеної в готичному стилі. У 1626 році королева Ізабелла була канонізована за своє милосердя і добрі справи.

Першим архітектором монастиря був Домингош Домингуес, відомий своєю роботою над галереями монастиря Алкобаса. Продовжив роботу цього архітектора Эштевао Домингуес, який прославився своїми роботами над галереями Кафедрального собору в Лісабоні. В 1330 році відбулося освячення храму, а трохи пізніше до південної частини церкви був прибудований монастир. Монастирю дуже часто видавалися грошові пожертви та дари. На початку XVI століття церква була прикрашена севільської плиткою і були встановлені нові вівтарі.

Так як монастир і церква були зведені на лівому березі річки Мондего, то вже через рік будівлі були затоплені вийшли з берегів водами річки. І протягом кількох століть монастир затоплювався безліч разів. Із-за частих повеней в монастирі було неможливо перебувати, і король Іоан IV наказав покинути будинок і переїхати в новий монастир - монастир Санта Клара-а-Нова, побудований на пагорбі, недалеко від старої будівлі. Гробниця з прахом королеви Ізабелли та інших королівських персон була перенесені в нову будівлю.

Згодом старий монастир перетворився в руїни. У 1910 році будівлю було занесено до списку пам'яток національного значення, і деякі реконструкційні роботи були проведені в першій половині ХХ століття.