Археологічний музей Комотіні був офіційно заснований в 1962 році і базувався на археологічної колекції, зібраної групою учнів однієї з міських шкіл, де, власне, древні артефакти і зберігалися в 1937-1962 роках. У 1962 році колекцію розмістили в окремому приміщенні, але в зв'язку з постійним поповненням скарбниці музею було потрібно термінове розширення виставкових площ. У 1968-1970 роках спеціально для музею за проектом відомого архітектора Констадинидиса Апіса було побудовано нову будівлю, яка і сьогодні вважається одним з найбільш вражаючих сучасних споруд міста.

Унікальні реліквії, виставлені в Археологічному музеї, були зібрані по всій території Фракії, і охоплюють величезний період часу, починаючи з епохи неоліту і до Візантійського періоду, чудово ілюструють історію розвитку культури регіону та підкреслюючи незаперечний вплив на неї стародавніх греків. Основна експозиція включає в себе знахідки з доісторичних поселень, грецьких колоній, римських поселень і могильників. Виставка представлена в хронологічному порядку і у відповідності з територіальною приналежністю стародавніх артефактів.

В Археологічному музеї Комотіні ви зможете побачити вироби з кераміки і бронзи, скульптуру, ювелірні прикраси, монети, зброя, похоронні артефакти і багато іншого. Найціннішим експонатом колекції, безумовно, є золотий бюст римського імператора Септимія Півночі (193-211гг н. е..).

Починаючи з 1987 року, в Археологічному музеї на регулярній основі проводяться освітні програми для учнів початкової та середньої шкіл.
Сьогодні Археологічний музей Комотіні - одна з найцікавіших пам'яток міста.