Будівля, в якому знаходиться Музей релігійного мистецтва, було побудовано між 1537 1538 і роком на фундаменті палацу інків Року, в одному кварталі від площі Пласа-де-Армас в Куско.

За часів Імперії Інків (мовою кечуа Тауантінсуйю - найбільше індійське держава в Південній Америці в XI—XVI століть) в цьому місці знаходився Палац інків Року, в якому жив правитель Хатун Румийок і його сім'я, а також в ньому розташовувалося індіанське братство Панака. Зараз можна побачити у центральній частині кам'яної стіни будівлі музею полігональний блок - знаменитий камінь з дванадцяти кутів, який застосовували в будівництві своїх споруд індіанці інка.

В цьому королівському палаці жив перший єпископ Перу Фрай-Вісенте-де-Вальверде, його єпархія простягалася від Нікарагуа до Вогненної Землі і від Тихого океану до Атлантичного. Потім цей будинок став власністю Пабло Костила і Галлинето, маркіза Сан-Хуан Буена Віста, чиї останки покояться в склепі храму Санто-Домінго-де-Куско. Пізніше будівля перейшла у власність до сім'ї Контрерас та Хараба, маркіза Рокафуэрте, які були покровителями місцевих художників. У 1948 році монсеньйор Феліпе Сантьяго Хермоза і Сармьенто, перший архієпископ Куско, придбав цей палац за рахунок коштів єпархії. У 1957 році, після реконструкції, ця будівля стає Палацом архієпископа Куско монсеньйора Карлоса Марія Юргенса.

У 1966 році архієпископ Куско монсеньйор Рікардо Дюран Флорес робить перші кроки по перетворенню палацу в музей релігійного мистецтва, який був відкритий в 1969 році при підтримці дона Хосе Оріуела Ябара. "Фонд Хосе Оріуела Ябара" передав у власність музею 169 картин та колекцію із слонової кістки, розп'яття, меблі та образи високої художньої цінності. Також був переданий позолочений вівтар у стилі бароко, який був встановлений в каплиці палацу архієпископа.

Колекція музею в основному складається з картин релігійного мистецтва школи Куско. Також можна оцінити класичну архітектуру колоніальної епохи самої будівлі, пройтися по його внутрішнього двору, оточеного аркадами і прикрашеного мозаїчною плиткою, привезеної з Севільї. В залах музею можна побачити твори Хуана Маркоса Сапата та інших майстрів живопису колоніальної епохи, а також живописні роботи місцевого художника Дієго Кіспе Тіто. Варто приділити час на огляд каплиці, декорованому в різних стилях, і залів палацу з дивним килимовим покриттям.