Православний храм Святителя Миколая Чудотворця був заснований в Ліоні представниками руської громади, які емігрували у Францію після революції 1917 року.

Перший храм, заснований у 1928 році, розміщувався в дерев'яному будинку на вулиці Барабан. Він був названий на честь відомого святого, а так само як спогад про розстріляного разом з родиною імператора Миколі Другому. Першим настоятелем храму став отець Віктор (Пушкін), колишній полковий священик.

У 1937 році храм, швидше за все, через підпал, згорів повністю. Його відновлення почалося лише через два роки – для будівництва кам'яного будинку обрали нове місце на вулиці Сент-Женев'єв. Храм створювався за проектом емігранта Сергія Баздерева. Зведення храму велося силами настоятеля та парафіян на зібрані пожертви, роботи велися вечорами і у вихідні, тому будівництво просувалося дуже повільно. Навіть під час Другої світової війни, незважаючи на бомбардування і брак коштів, роботи тривали. А внутрішнє оздоблення храму тривала ще і в повоєнний час. Освячення храму відбулося в травні 1946 року.

У 1970-ті роки в храмі після обвалення стелі був проведений ремонт. Ближче до кінця минулого століття навколо храму виросли житлові квартали, а коли поруч з ним була відкрита станція метрополітену, кількість парафіян зросла. Одна з ікон храму присвячена святому Іринею Ліонському – єпископу Ліона, прийняв мученицьку смерть за віру в 202 році.

Храм Святителя Миколая Чудотворця в Ліоні не відрізняється багатим убранством та оригінальною архітектурою, проте його називають пам'ятником першої хвилі еміграції та символом любові до православної віри.

У Ліоні є й інші російські православні храми – приміром, церква Святого Іоанна Руського.