Національний Музей Філіппін був заснований в 1901 році як музей природної історії і етнографії народів Філіппін. Він розташований в Манілі недалеко від Рисаль-парку та старовинного району Интрамурос. Його головна будівля була збудована у 1918 році американським архітектором Деніелом Бернхэмом. Колись у ньому розміщувався Конгрес Філіппін, а з 2003 року його займають підрозділи музею – Національна Художня Галерея та експозиції природної історії. У поряд розташованому приміщенні, де раніше розташовувався офіс Департаменту Фінансів, сьогодні знаходиться ще один підрозділ музею – Музей Народів Філіппін, зберігає антропологічні та археологічні колекції. Сьогодні також йде перетворення колишньої будівлі Департаменту Туризму у Музей Природної Історії.

У 1970-х роках у тодішнього директора музею Годофредо Алькасида з'явилася ідея будівництва Планетарію, яку підтримав Максимо Сакро-молодший, один із засновників Філіппінського Астрономічного Товариства і співробітник Державного Метеобюро. Проект був представлений Першої Леді країни Имельде Маркос, яка зажадала від Департаменту Громадських Робіт знайди кошти на будівництво Планетарію. Будівництво почалося в 1974 році і тривало дев'ять місяців. У 1975 році Планетарій, розташований у Рисаль-парку між Китайським Садом і Читальним Центром, було офіційно відкрито. Сьогодні в ньому проводяться лекції та виставки, що знайомлять відвідувачів з астрономією і її розвитком на Філіппінах. Його особливістю є реалістичні шоу, присвячені різним астрономічним тіл. У 1998 році Планетарій був включений до складу Національного Музею.

В Національній Художній Галереї знаходиться кілька експозицій, присвячених мистецтву Філіппін. У Головному Залі зберігаються роботи художників 19 століття Хуана Місяць і Фелікса Ідальго. Зал Ареллано присвячений художнику і архітектору Хуану Ареллано, одного з будівельників будівлі. В експозиції «Кораблі Віри» представлені різні зразки філіппінської духовності, які знайомлять із системою вірувань місцевих жителів, їх ритуалами і традиціями. Нарешті, в експозиції «Спраглі свободи», що розповідає про боротьбу філіппінців проти колоніалізму та різних форм пригнічення, можна дізнатися про долю національних героїв, про жертовність і жорстокості, звірства і дух свободи і незалежності.

Сьогодні у Національному Музеї Філіппін зберігається величезна колекція експонатів, пов'язаних з антропологією, археологією, геологією, зоологією, ботанікою, мистецтвом і культурою Філіппінських островів і населяють їх народів. По всій країні розташовано 19 філій музею.