Нагасакі виник наприкінці XVI століття як невелике портове поселення, потім став містом, що в наступні два з половиною століття був єдиним портом, відкритим для міжнародної торгівлі. До кінця XVII століття Нагасакі став одним з найбільших в Японії місіонерських центрів, а в даний час в ньому проживає найчисленніша християнська громада в країні.

Про ці та інші факти з історії міста можна дізнатися, відвідавши музей історії й культури Нагасакі. Він був відкритий в 2005 році в колишній резиденції керуючого Нагасакі. Це будівля відноситься до будівель середньовічного періоду, воно пережило повну реконструкцію. У роки Другої Світової війни в цьому будинку розташовувався штаб ППО Нагасакі. В бомбосховищі, яке знаходилося в західній частині будівлі, під час атомного бомбардування намагалися сховатися городяни.

Зібрання музею налічує 48 тисяч одиниць зберігання, серед яких документи, твори декоративно-прикладного мистецтва, а також предмети, привезені в Японії іноземними торговцями. Експозиції музею здебільшого присвячені темі міжнародних відносин і контактів Японії з іншими державами в період її самоізоляції, який охоплював з XVII по XIX століття. Зокрема, постійна експозиція представляє експонати, привезені з Голландії, Китаю і Кореї. У музеї також можна скласти уявлення про так званої культури Нанбан або культурі «південних варварів» - вихідців із Португалії та Іспанії. Крім того, частина музейної колекції присвячена проникненню і поширенню християнства.

Простір музею розділене на три частини, одна з них відведена темі магістрату Нагасакі і містить реконструкцію життя чиновників середніх віків. Дві інші частини присвячені історичній культурі та сучасному житті Нагасакі – про те, яке місце займає місто в економіці країни та в яких сферах займає лідируючі позиції.