Храм Сува-дзіндзя був побудований в період гонінь на християн і був призначений для того, щоб повернути японців в лоно однієї з традиційних релігій – синтоїзму. Свята та фестивалі, що проводилися при храмі, повинні були показати прибувають в Нагасакі європейцям красу японської культури. Сьогодні Сува-дзіндзя є головним з синтоїстських храмів і центром синтоистской громади міста. Він розташований в його північній частині, на схилі гори Тамадзоно-сан. Щоб піднятися до храму, потрібно пройти по сходах з 277 ступенів.

Будівництво храму було розпочато в 1614 році, коли правитель Токугава Іеясу видав указ, який став початком гонінь на християн. Іеясу порахував поширення європейської релігії занадто швидким і агресивним, побачив у ній загрозу традиційним релігіям, цілісності японського суспільства і державного устрою. У цей час стали активно будуватися синтоїстські святилища, а японців стали примушувати до сповідання синто і буддизму.

Через десять років, в 1624-му, в місто прибув релігійний діяч Аокі Кенсев, який для залучення городян до нового храму став проводити ютате-сай – ритуал, під час якого священик занурював руки в окріп і виймав їх без жодного опіку. Але це «шоу» на чисельність парафіян практично не вплинуло. Тоді в 1634 році місцевих мешканців зобов'язали реєструватися при храмі і стали проводити восени великий фестиваль. З допомогою цих двох заходів влади виявляли таємних християн: не пройшли реєстрацію та не відвідували свято були арештовані, піддані тортурам і страчені.

Сува-дзіндзя присвячений божеству Сува-но-Камі, яке шанується як божество доблесті і боргу, а його святилища знаходяться по всій Японії. Також у цьому храмі шанують ще двох божеств – Сумійосі, бога моря, і Моридзаки. В честь них проводять фестиваль Кунті, найвідоміший з усіх свят Сува-дзіндзя. Він проводиться 7-9 жовтня щорічно і вважається таким же великим і відомим фестивалем, як Gion Мацурі.

В даний час 3 березня при храмі також проводиться Фестиваль ляльок, під час якого молоді японки одягають святкові кімоно і беруть участь у ході. Для участі в процесії вони проходять конкурс, а за його підсумками двох найкрасивіших вибирають на ролі імператора і його дружини, які очолюють хід. Вважається, що цей захід рекламує синтоїстське святилище.

У Сува-дзіндзя кожен рік 9 серпня проходить меморіальна служба в пам'ять про загиблих від вибуху атомної бомби. Ритуал поєднує в собі елементи синтоистской, буддійської і християнської служб, під час нього моляться за понад 70 тисяч людей, загиблих під час авіаудару в 1945 році. Сам храм пережив атомне бомбардування, його жерці брали участь у відновленні Нагасакі, освячуючи землю і очищаючи її від уламків будівель.