Одна з дивних церков Нової Ладоги присвячена Клименту Римському і Петру Олександрійському. Першими літописними джерелами, що описують Климентовскую церква, стали запису, згідно з яким в 1153 році відбулося закладення храму в якості собору. Ця подія сталася завдяки Новгородському архієпископу Нифонту. Через деякий час, збудований з каменю собор був знесений, а на його місці збудували дерев'яну церкву. В 1703 році дерев'яний храм був перенесений у Нову Ладогу, адже спочатку він знаходився в Ладозі.

У період між 1741 та 1743 роками на попередньому місці дерев'яної церкви Святого Климента, папи Римського, і Святого Петра Олександрійського була збудована кам'яна. Необхідні грошові кошти були виділені знатним новоладожским купцем Константиновим Дмитром Иродионовичем. Завершення храму було виконано у вигляді невеликої розділу цибулинна форми. Храм був оснащений столпообразной дзвіницею. Його освячення відбулося 18 серпня 1743 року.

Відмінною особливістю храму Святого Климента став властивий йому аскетизм зовнішнього оздоблення, що не було характерним для епохи бароко, пануючої в період правління Єлизавети Петрівни. На сьогоднішній день золочений іконостас, виконаний з дерева, а також ікони, особливо цінні для свого часу, були загублені. Не вдалося врятувати і старовинний храмовий образ Святого Климента Римського і ікони апостолів Святого Петра та двох священномучеників, які були написані в 1761 році згідно з розпорядженням архієпископа Димитрія Сеченова.

Дерев'яний шпиль, що знаходиться на дзвіниці, обрушився через ветхість від сильного урагану в 1811 році, але протягом 1818-1820-х років був відтворений завдяки старанням церковного старости Е. Е. Ярославцева – новий шпиль тепер розташовувався на залізних кроквах. В цей же відрізок часу було прийнято рішення про побілки храму, при цьому розділу теплої церкви покрили латунним залізом, після чого на них спорудили нові хрести, вкриті позолотою.

Влітку, в кінці липня церковний прихід відвідав Новгородський і Санкт-Петербурзький митрополит Ісидор Нікольський. На честь цієї події за проектом архітектора та інженера К. В. Фортунатова було проведено ремонт храму. Керівництво над роботами взяли на себе староста Столярів і священик Никифор Верольский. За невеликий період часу храм значно змінився, при цьому були збудовані нові жертовник і дубовий престол, а також повністю оновлена побудована у формі шестикутника дзвіниця над невеликою частиною зі шпилем і купольним завершенням, що знаходиться із західного боку.

Церква отримувала чимало пожертв, серед яких варто відзначити дари від купця Євсєєва і княгині Kovriginoj, а також дорогий подарунок у вигляді напрестольного хреста від княгині Федорової. Церковний інтер'єр був придуманий архітектором К. В. Фортунатовим, який склав докладні ескізи. Ікони, що входять в різьблений золочений іконостас, були написані художником Колчин. 30 червня 1878 року відремонтований храм був освячений архієпископом Добронравиным Гермогеном.

У 1938 році храм Святого Климента закрили, хоча величезна кількість вірян просили цього не робити, влада не піддалися їх впливу. Через деякий час, будівля храму переробили під міський кінотеатр, хоча спочатку тут повинні були розміститися ремонтні майстерні під об'єднаною назвою «Ленгоррыбтрест».

На сьогоднішній день не залишилося ні іконостасу, ні внутрішнього оздоблення церкви, адже вони були зруйновані в 80-90-ті роки 20 століття. У той час у будівлі храму працював цех заводу «Лаконд», у Спаському храмі діяв рибний цех при Новоладожском комбінаті. Таким чином, на початку 1990-х років приміщення повністю спорожніли і стали руйнуватися. Збереглися лише деякі фрагментарні розпису в куполі і на напівзруйнованих стінах, виконані в академічному стилі – розпис Різдва Христового, Успіння, Свята Марія Магдалена, Спас Вседержитель, Безтілесні Небесні Сили.

В даний час церква не використовується.