Підстава Свято-Троїцького Михайло-Клопского монастиря відбулося на правому березі невеликої річки Веряжа, що недалеко від впадіння річки в відоме озеро Ільмень.

Найбільш ранні згадки про Свято-Троїцькому чоловічому монастирі відносяться до 1412 році, що зафіксовано в Новгородському літописі. Першою монастирською церквою був Троїцький храм на Клопске. Він був збудований з дерева всього за 60 днів і являв собою типову новгородську споруду. За зразок будівництва була взята Микільська церква, розташована в Ніколо-Лядском монастирі. Храм був четырехстолпным, кубічним, мав одну апсиду і одну голову. З боку заходу до будівлі примикає виконана з дерева паперть. Через 7 років дерев'яна церква була замінена на кам'яну.

Протягом 15 століття монастир був під заступництвом великих московських князів і був одним з важливих пунктів поширення їхньої влади. В кінці 16 – початку 17 століть Троїцький монастир значно зміцнив свій політичний і соціальний стан, і це стало передумовою для широкої будівельної діяльності і формування абсолютно нового ансамблю будівель. До 1569 року Троїцька церква була єдиним кам'яним храмом, а інші наявні на території монастиря споруди, наприклад, трапезна, келії, огорожа і приміщення для господарських потреб були збудовані виключно з дерева. У Троїцькій церкві покоїлися мощі преподобного отця Михайла Клопского Чудотворця. Храм був повністю розібраний. На його місці, згідно з наказом Івана Грозного, звели великий красивий собор. Тут був влаштований труну Михайла Клопского. Троїцький собор був квадратним, четырехстолпным і мав три знижені вівтарні апсиди і три об'ємно-просторові композиції, які значно відрізнялися незвичайною монументальністю. Єдине стилістичне рішення було досягнуто за допомогою членування фасадів профільованими лопатками, кілька стягнутими килевидными арками. Крім собору в південній частині монастиря в 16 столітті був збудований Нікольський храм, що має трапезну палату.

На початку 17 століття шведські та польсько-литовські війни значно погіршили становище Троїцького монастиря, адже монастир був захоплений воїнами Самуїла Коврина. У 1623 році монастир знову став відроджуватися і спочатку був обнесений тыновой огорожею. Всі дерев'яні споруди були винесені за огорожу, що стало окремим господарським комплексом. У північній частині розташувався другий господарський комплекс, в якому розмістилися настоятельские і братські келії.

Протягом 17 століття відбувалися серйозні перебудови, що стосуються зміни завершень Нікольського храму, растески вікон і перебудови споруд Троїцького собору. Всі ці зміни спричинили за собою порушення стилістичної єдності храмів, але зведення монументального огорожі з невеликими баштами створило необхідний закінчений вигляд для двох пам'ятників. В результаті, у другій половині 17 – на початку 18 століття був повністю сформований новий архітектурний комплекс. Свято-Троїцький монастир придбав необхідне оформлення, що було оточене великим кільцем забудови.

У 1740 році при монастирі були створені коров'ячий і конюшенного двори. Протягом 1742 року були збудовані вітряні млини, які розмістилися за огородженням. Через деякий час, стали з'являтися кам'яні приміщення, призначені для настоятельского корпусу, житлового будинку, игуменских келій.

В кінці 18 століття монастир перетворився на справжній будівельний майданчик, адже робота тут кипіла до 20-х років 19 століття. Проводились роботи щодо спорудження просторого конюшенного двору, споруди триярусної дзвіниці, нових келій, кам'яного льоху, нової огорожі з вежами. У 1824 році з'явилася каплиця і перебудувалася церква Миколи Чудотворця. Вишикувалися два нових меж.

Значною мірою Свято-Троїцький монастир постраждав у роки Великої Вітчизняної війни, і з цієї пори почалося його руйнування. У 1964 році були остаточно зруйновані склепіння в трапезній палаті.

Протягом 1985-1992 років було проведено великі науково-дослідні роботи під керівництвом Красноречьева К. Е.. У 2003-2004 роках були виділені гроші на відновлення старовинного пам'ятника російської архітектури. Зараз Троїцький монастир знаходиться у віданні Новгородської Єпархії та підлягає відновленню.