Державний історичний музей-заповідник в місті Новоросійську є найбільшим музеєм на російському Чорноморському узбережжі.

Музей був заснований в липні 1916 р. завдяки ініціативі віце-губернатора Чорноморської губернії Л. А. Сенько-Попівського в якості музею історії і природи Чорноморського узбережжя Кавказу. Для відвідувачів експозиція була відкрита в грудні 1916 р. З приходом радянської влади музей було передано міській раді. Активну участь в організації роботи музею та поповнення його колекції брали письменник Гладков Ф. Ст. і режисер Мейєрхольд Ст. Е.

До початку Великої Вітчизняної війни краєзнавчий музей в Новоросійську був найбільшим науково-освітнім установою на Кубані. Експозиція музею розміщувалася в 16 залах. У фондах музею на той момент часу зберігалося близько 7 тис. експонатів, а в науково-історичній бібліотеці налічувалося близько 44 500 книг. В період Великої Вітчизняної війни практично всі колекції музею були втрачені, приміщення зруйновані, загинула також і наукова бібліотека. Вціліло лише кілька ящиків колекцій археології та документального фонду, які були евакуйовані в місто Тбілісі.

Відродження музею почалося в січні 1944 р. В травні того ж року міський виконавчий комітет виділив під музей приміщення в будинку по вулиці Комуністичній. Після з Тбілісі були повернені евакуйовані експонати. Свої двері для відвідувачів музей відкрив у листопаді 1944 р. До 1948 р. у фондах музею вже налічувалося близько 4435 експонатів. У 1958 р. під музей було виділено нове приміщення по вулиці Рад, у якому він знаходиться по сьогоднішній день.

За всі роки свого існування заклад неодноразово змінював назву. У жовтні 1987 р. музей історії міста і Державний музей 18-ї Армії увійшли до складу Державного історичного музею-заповідника.

Фондові колекції, експозиції та виставки музею дають всебічну і повну картину історії розвитку міста Новоросійська і району, починаючи з моменту перших поселень людей на території цього регіону і до сучасності.