Вийдумяэский заповідник був заснований в 1957 р. Хоча особливий рослинний світ був відомий і цікавий ботанікам вже з середини минулого століття. Настільки пізня дата заснування заповідника пов'язана з прийняттям закону про охорону природи в Естонській РСР лише в 1957 р.

Заповідник розташовується в західній частині острова Сааремаа. Основною метою його створення було збереження і вивчення реліктових спільнот і рідкісних видів рослин. Заповідник в першу чергу славиться своїми рослинами. Тваринний світ не викликає великого інтересу. Тут мешкають самі звичайні представники фауни острова Сааремаа. У заповіднику 16 видів звірів (білка, борсук, козуля) та 61 вид птахів (з них 2 рідкісних - мохноногий сич, сова). Флора представлена 662 видами рослин.

Площа заповідника – 0, 6 тис. га, причому зона, покрита лісами, становить 0, 5 тис. га, довжина з північно - сходу на південний - захід-6, 5 км і ширина 700-1200 м. Завдяки багатству і своєрідності рослинного світу зарубіжні і багато наші ботаніки називають це місце природним ботанічним садом.

Височина, на якій розташований заповідник, піднялася з моря близько 8000 - 9000 років тому, і в наш час найвища її точка—54 м над рівнем моря.

Вийдумяэские схили центральної височини о. Сааремаа в першу чергу цікаві геоморфологічними утвореннями. Дані відкоси, на тлі плоского рельєфу острова виділяються виступами корінних порід і підґрунтя; склад ґрунтового покриву являє собою пласти силурійського вапняку, морени і пісків. На Вийдумяэской височини беруть початок багато дрібні ключі, які біля підніжжя схилу утворюють досить велике ключове болото зі значними покладами торфу.

Характерними елементами ландшафту Вийдумяэского заповідника є схили, вкриті лісом і лесолугами, і ключове болото з чагарниками. Клімат західної частини острова Сааремаа, в тому числі і Вийдумяэского заповідника, морський, м'який. Період без нічних заморозків триває 175-200 днів. Найтепліший місяць липень, температура якого 18-19°. Річне кількість опадів 490-640 мм. Постійний сніговий покрив, в середньому з 27 грудня по 23 березня, утримується 78-85 днів.

На самому схилі і в ключовому болоті ростуть рідкісні види реліктових рослин Прибалтики. На схилі і плато Вийдумяэского заповідника ростуть ліси різних типів: альварные, лишайникові, вересові.

Альварные ліси займають 95 га Лісової ярус представлений сосною звичайною, ялиною європейською, а також росте береза бородавчаста, дуб черешчатий. У чагарниковому ярусі в основному ліщина звичайна і трохи менше ялівцю звичайного. В трав'яному ярусі переважають комірник шестилепестный, переліска звичайна, герань кров'яно - червона, первоцвіт весняний і деякі інші види, що віддають перевагу багаті вапном грунту. Для альварного типу лісу також характерний рідкісний в Прибалтиці плющ звичайний, а також горобина арія—дуже рідкісне дерево, яке ніде на території колишнього СРСР, крім як у цьому заповіднику, не зустрічається.

Вересові і лишайникові типи лісів поширені маленькими плямами на невеликих територіях (11, 5 га). Панує вересовий тип лісу, в якому першість займають сосна, трохи менше ялина, у чагарниковому ярусі багато ялівцю. Трав'яний ярус складається з малої кількості видів рослин.

Найбільше поширення в заповіднику набули, чорничники, брусничники, кисличники і зеленомошники (загальна площа 187 га); домінують брусничники.

У всіх описаних типах лісу переважаючим деревом є сосна, також зустрічаються ялина, осика та береза. Підлісок характеризується типовими для прибалтійських умов чагарниками. Трав'яний покрив представлений різними видами лісових рослин; переважають або брусниця звичайна, або квасениця звичайна, або чорниця, або зелені мохи. Хоча в цілому трав'яний покрив у більшості своїй досить розріджене і бідний видами.

Рідко зустрічається типом лісу є сосняк з дубовим підліском. Він росте на плато і біля підніжжя схилу. Даний тип лісу вважається реліктовим, виникнення якого в цей кліматичний період неможливо. У лісовому ярусі поряд із сосною росте дуб висотою 10-12 м; зустрічається і ялина. Трав'яний і чагарниковий ярус досить різноманітний (герань кров'яно - червона, комірник шестилепестный, козелець низький).

Крім перерахованих, у заповіднику також поширені й інші типи лісів: складні з широколистими елементами (75 га), ліси низинних (29 га) і ліси перехідних боліт (19 га).

Тут ростуть такі рідкісні рослини, як остролодочник волосиста, чина чорна, горошок кашубський, горошок чиновидный і звіробій гірський.

Ключове чагарникова болото є цінним ботанічним скарбом Вийдумяэского заповідника. Його площа становить 77 га. До більш рідкісним видам рослин можна віднести наступні рослини: меч - трава, пухирчатка мала, липарис Лезеля, митник Карлів скіпетр. Ендеміком острова є рослина погремок эзельский. Це рослині виростає тільки на о. Сааремааа.

Рідкісними рослинами є росичка проміжна, жірянка альпійська, билинець ароматну, хвощ шершавозубый і гібрид схенусов ржавчатого і чорнуватого.

Основним завданням заповідника є вивчення і збереження реліктових спільнот і рідкісних видів рослин. Тут щорічно проводяться спостереження і всілякі дослідження. Зараз складена великомасштабна карта рослинності Вийдумяэского заповідника.

Це прекрасне місце для того, щоб прогулятися і насолодитися найчистішим повітрям, опинитися наодинці з природою, втекти від міської суєти, ознайомитися з рідкісними видами рослин.