Пінський Богоявленський Братський монастир з глибокої давнини був предметом суперечок між православною, католицькою та уніатською церквою. Існує дві протилежні версії зародження монастиря. За православної версії, монастир заклала за часів брестської унії на землі, де зараз знаходиться ця обитель, побожна пинська дворянка Раїса Макарівна Гаробурдина, бажала залишитися православної, всупереч насаджуваної уніатської релігії. У 1596 році вона побудувала на своїй землі домову православну церкву і почала приймати у себе православних біженців, побудувавши для них також при церкві келії. В 1614 році силами православних городян була побудована дерев'яна Богоявленська церква, а монастирські келії стали іменувати Богоявленським монастирем. Однак, це не сподобалося уніатському духовенству і в 1618 році, після довгої суперечки, передано католикам. Далі йде суцільна історія повстань, бунтів, церковних погромів і заколотів.

Католицька версія не так заплутана і не рясніє історіями бунтів. У 1636 році на Ринковій площі на пожертви Альбрехта Станіслава Радзівілла був закладений величезний католицький монастир, який пізніше став найвідомішим єзуїтським навчальним закладом країни. Монастирський комплекс будувався 40 років. У 1787 році єзуїти були вигнані з Речі Посполитої, а в 1795 році величезна будівля монастиря передано православній церкві. В 1904 році в Богоявленському монастирі було засновано православне братство імені Казанської ікони Божої Матері.

Під час польського панування православ'я в Пінську зазнавало утисків, і храми були закриті. Під час німецько-фашистської окупації православ'я було відновлено, храми відкриті. Є відомості, що єпископи на Пинскую кафедру продовжували призначатися до 1952 року, а пізніше всі православні храми були закриті радянською владою.

Зараз в монастирі працюють музей білоруського Полісся і дитяча хореографічна школа.