Церква Святої Софії була побудована в середині VII століття на руїнах в три рази більшою її по довжині ранньохристиянської базиліки, причому у візантійський період її оточували численні будівлі як культового, так і адміністративного призначення. З 1585 року церква стала мечеттю, але була знову освячена як церква в 1912 році.

Історичні та археологічні дані свідчать про те, що нефі і в південній частині колонади храму Святої Софії були поховані митрополити Салонік, наприклад, Григорьос Куталис і Костянтин Месопотамитис.

Інтер'єр церкви прикрашають численні мозаїки і фрески IX-X століть. Фреска "Знесіння" прикрашає купол церкви.