Будівля Михайлівського театру зводив тонкий знавець, шанувальник і справжній цінитель театрального мистецтва архітектор Олександр Брюллов. Він зумів дуже гармонійно вписати нову будівлю вже існував прекрасний архітектурний ансамбль площі Мистецтв. Для цього навіть довелося перейняти основні елементи декору фасаду з проекту Карла Россі. Про те, що в новій будівлі знаходиться театр, з боку здогадатися було практично неможливо. Його «видавала» лише дах, під куполом якої можна було розгледіти абрис сцени. Вся розкіш імператорського театру – оксамит, позолота, срібло, кришталь, скло, дзеркала, скульптури – ховалися за досить скромними мурами.

Відкриття театру при великому скупченні народу відбулося в листопаді 1833 р. Театру було дано ім'я Великого князя Михайла Павловича. В середині 19 століття за проектом архітектора Альберта Кавоса будівля перебудовувалася: була розширена сцена, ярус надбудовано у глядацькому залі. У той час в Михайлівському театрі з'явився розписний плафон роботи художника Джованні Бузатто.

Постановки Михайлівського театру користувалися дуже великим успіхом у публіки. Сюди на вистави з'їжджався весь світ міста на Неві. В театрі бували самі високопоставлені вельможі і досить часто імператор з родиною.

У трупи Михайлівського театру грали провідні німецькі та французькі актори, а оркестром за диригентським пультом не раз керував сам король вальсів – Йоганн Штраус.

Після Жовтневої революції всі актори, що мали іноземне підданство, в спішному порядку були змушені покинути нову Росію. Необхідно було створювати нову трупу.

У березні 1918 р. театр отримав звання Державного оперного театру і став другим оперним театром в країні. Двома роками пізніше його перейменували в Державний академічний театр комічної опери. Через рік його знову перейменували в Малий академічний, а в 1926 р. — академічний Малий оперний театр. Незважаючи ні на що, всі ці роки Михайлівський театр залишався в центрі культурного життя міста. Тут йшли постановки за творами Д. Шостаковича і С. Прокоф'єва, запрошувалися молоді талановиті режисери-постановники.

Після війни 1941-1945 років театр продовжував співпрацю з провідними композиторами сучасності.

У 1989 р. театру присвоїли ім'я М. П. Мусоргського. З цього моменту головними в репертуарі стали твори російської класики: «Хованщина», «Золотий півник», «Борис Годунов», «Князь Ігор», «Євгеній Онєгін» і багато інших.

Своє історичне ім'я Михайлівський театр повернув собі в 2001 році, а в 2007 його визнали найбільш світським і яскравим музичним театром Санкт-Петербурга.

Будівля потребувало ремонту, і він був проведений на особисті кошти директора театру Ст. Кехмана. Було, зокрема, повністю відновлено парадне вбрання. Відбулися позитивні зміни і в трупі – на сцені Михайлівського театру стала співати велика оперна прима Олена Образцова. На початку 2009 року до трупи Михайлівського театру прийшов прославлений музикант Петер Феранец, який до 2011 року був музичним керівником і головним диригентом. З січня 2012 року цю посаду обійняв Михайло Татарников.

З січня 2011 р. до роботи приступив новий художній керівник балетної трупи іспанська хореограф Начо Дуат, який поставив на сцені театру знамениті вистави «Без слів», «Дуенде», «Прелюдія», «Спляча красуня», в березні 2012 р. – «Багатогранність. Форми тиші і порожнечі» (присвячено В. С. Баху).

Основний напрямок репертуару Михайлівського театру – шедеври вітчизняної та зарубіжної класики, твори балетного та оперного мистецтва 19-20 століття, мало відомі публіці. Останнім часом дуже велика увага приділяється театральним оперних і балетних постановок для дітей.