Чилійський Національний історичний музей є державною установою і перебуває під управлінням Дирекції бібліотек, архівів і музеїв. Його місія полягає в забезпеченні відкритого доступу до історії країни шляхом збору, збереження, дослідження та поширення спадщини Чилі.

У 1873 році за ініціативою мера Сантьяго Бенджаміна Вікуньї Макенна була організована тимчасова виставка стародавніх артефактів Exposición del Coloniaje, яка була розміщена в будівлі колишньої резиденції губернатора Чилі, в даний час в цьому приміщенні знаходиться Головпоштамт, штаб-квартира Пошти-де-Чилі. В 1874 році, ґрунтуючись на ідеї створення постійно діючого історичного музею, цю виставку з невеликими доповненнями перенесли в замок в район Серро Санта-Лусія-де-Сантьяго.

У першому десятилітті ХХ століття директор Національної бібліотеки Луїс Монт-Монт, запропонував організувати нову історичну виставку. Нова виставка з великою колекцією артефактів відкрилася в особняку, розташованому на вулиці Монджитас, між Сан-Антоніо і Мак-Івер, і викликала фурор. Тоді організатори виставки вирішили звернутися до уряду з проханням створення Національного історичного музею Чилі. Завдяки зусиллям сенатора Фігероа Хоакіна Ларраина в травні 1911 року прохання про відкриття музею було підписано президентом Республіки Доном Рамоном Баррос Луко.

З 1982 року музей знаходиться в будівлі Паласіо-де-ла-Реаль в північній частині Пласа-де-Армас, який був побудований Хуаном Хосе-де-Гоякоалея Занярту в період 1804-1808 років. Раніше в будівлі знаходилася штаб-квартира Королівського суду, тут відбувся Перший національний конгрес в 1811 році, а з 1812 по 1814 рік розташовувалося Уряд під керівництвом патріотичного руху la Patria Vieja. У період іспанської Реконкісти будівля знову стала належати королівського двору. У 1818 рік, Палац Королівського суду був офіційно названий Резиденцією уряду Бернардо о'хіггінс і став іменуватися як Палац Незалежності. У цьому будинку містилися міністерства та інші державні установи і відомства. Для збереження будівлі в 1969 році воно було оголошено національним пам'ятником Чилі та передано Національному історичному музею Чилі, а також відреставровано у 1978-1982 роках.

В даний час колекція музею згруповано наступним чином: колекція декоративного мистецтва і скульптури, колекція народного мистецтва та ремесел, колекція картин і гравюр, колекція текстилю та костюмів, колекція археології та етнографії, колекція інструментів та обладнання, колекція меблів, колекція медалей і монет, колекція книг і документів, колекція зброї, колекція історичної фотографії. Ці колекції мають різне походження - деякі були отримані з інших музеїв, виставок і приватних колекцій, інші були пожертвувані різними людьми з початку XIX століття по теперішній час.