Церква Марії Магдалени знаходиться в районі Седермальм. Історія церкви сходить до 1350-х років, коли король Магнус Ерікссон з дозволу папи Климента VI побудував тут каплицю і присвятив її Марії Магдалені. Зовнішній вигляд будівлі тих років погано задокументований, і тільки дійшла до наших днів мідна гравюра зображує каплицю як невелика будівля з великою вежею, увінчаною гострим шпилем.

На початку 1520-х років Густав Васа звільняв Стокгольм, і його війська на чолі з Педером Фредагом розбили табір в каплиці, але вони понесли важкі втрати, коли данські війська Крістіана II напали на них з міста. Це подія, можливо, і стало однією з основних причин, чому Густав Васа знищив усі церкви, монастирі, каплиці, що оточують місто, після введення протестантизму в 1527 році, в тому числі і каплицю Марії Магдалени. Тим не менш, його син, король Іоанн III, розпочав будівництво нового храму на місці каплиці в 1588 році. Однак його смерть у 1592 році перервала ведуться будівельні роботи, і церква залишалася незавершеною аж до 1634 року.

Архітектори Никодим Тессін Старший і Тессін Молодший взялися за продовження будівництва і звели церкву в стилі бароко. Шпиль, який вважався найкрасивішим в Стокгольмі, був зруйнований під час пожежі в 1759 році, який також знищив 300 інших будівель в районі. Карлу Юхану Кронстедту було доручено відновити церкву, і його проект був завершений в 1763 році. Він зберіг більшу частину оригінальної конструкції. Реставрація інтер'єру церкви Марії Магдалини була проведена в 1927 році, тоді ж тут було встановлено і перший орган, другий був доданий в 1986 році.