Історія Віденського Ботанічного саду почалася в 1754 році, коли імператриця Марія Терезія заснувала Аптекарський сад у стилі бароко для потреб медичного факультету, щоб студенти медицини та ботаніки могли отримувати відомості про рослини та їх особливості з перших рук. Дизайнер об'єкта Роберт Ложье сформував ландшафт в геометричному порядку, поставивши спочатку рослини, запозичені з найближчих, вже розроблених садів, таких, як палац Бельведер. Після цього медичний сад став швидко розвиватися і розширюватися.

З самого початку 19 століття Ботанічний сад був розширений майже до його нинішнього розміру - вісім гектарів, на території були побудовані теплиці для екзотичних рослин зі всього світу. Друга світова війна серйозно пошкодила як саму Вену, так Ботанічний сад. В результаті, близько 200 дерев довелося вирубати, більшість теплиць потребували повної реставрації або частковому відновленні.

В цей час Ботанічний сад має вражаюче збори рослин. Сьогодні тут можна побачити приблизно 9000 видів рослин. Сад працює як для відвідувачів, так і в якості наукової лабораторії, бере участь у семінарах. Крім того, наукове значення цього саду полягає в тому, що він пропонує відвідувачам можливість вивчення природи в «Зеленій школі». Ботанічний сад Віденського університету дає нові знання для лікарів і ботаніків, або тих, хто просто захоплюється вивченням маловідомих фактів про світ рослин.

На території Ботанічного саду постійно проводяться різні виставки і семінари, як для професіоналів, так і для звичайних відвідувачів.