Одним з найяскравіших зразків вільнюської готики шістнадцятого століття є костел Святого Франциска Ассизького, або бернардинський костел, що знаходиться у Старому місті. Костел будувався три рази: в 1496 році на прохання князя литовського Казимира Ягеллона на місці язичницького святилища був зведений з дерева. Після пожежі в 1475 році будівля згоріла, і на його місці в 1490 році було зведено новий мурований костел. Проте із-за неточності в розрахунках при будівництві в 1500 році обрушилася частина зводу практично готового костелу. В третій раз храм був зведений в період з 1506 по 1516 роки. Освятили храм в ім'я Св. Франциска Ассизького. І знову при пожежах в 1560 і 1564 роках костел сильно постраждав – вигоріло все всередині, стіни і склепіння погрожували обвалиться. Під час відновлювальних робіт, у 1577 році будівлю костелу було значно розширено. Трохи пізніше було добудовано три каплиці, зведено новий вівтар зі скульптурним зображенням Розп'яття.

Під час російсько-польської війни костел був розграбований і спалений. Відновлений він був стараннями гетьмана Михайла Казимира Паца і освячений в ім'я святого Францисска Ассизького і Бернардина Сієнського. Пізніше костел ще добудовувався і забезпечувався новими вівтарями, фресками. У 1864 році згідно з указом влади монастир і храм були закриті, в їх приміщенні були розташовані казарми. У 1949 році костел було закрито і передано Вільнюського художнього інституту в якості складу. Нарешті, костел знайшов свого господаря в особі ченців-Бернардинів в 1992 році, і освячено заново 1994.

За своїми розмірами костел найбільша готична будівля в Литві. Незважаючи на те, що храм неодноразово перебудовувався і реконструювався, він все ж зберіг свій готичний стиль в архітектурі. А наявність укріплень у вигляді контрфорсів, трьох веж і 19 бійниць амбразур надають йому вигляд готичного храму оборонного типу.

Храм вражає своєю величною простотою у зовнішньому фасаді. З півдня до нього прилягають прибудовані дві каплиці, а з північної сторони розташувався бернардинський монастир, побудований вже на початку 16 століття.

Зовнішній вигляд фасаду досить скромний. Композиція головного і бічного фасадів ґрунтується на ритмі високих вертикальних вікон. Нижня частина головного західного фасаду виділяється портал з аркою стрілчастого виду. Головний фасад прикрашений фризом з профільованого цегли.

Башточки фасаду і верх фронтону зроблені в стилі бароко. З південної сторони до костелу примикають побудовані пізніше каплиці, а з північної сторони бернардинський монастир.

Всередині храм розділений на три нефи однакового розміру, центральний неф відділений тріумфальною аркою і великим вівтарем. Вісім пілонів восьмигранної форми підтримують склепіння. Основний мотив композиції всіх склепінь храму - багатокутна зірка.

У храмі збереглося 11 з 14 побудованих у вісімнадцятому столітті вівтарів і двох каплиць – Святого Миколая, зведена в 1600 році і побудована в 1632 році каплиця, освячена в ім'я Трьох королів. Особливу увагу привертають амвон зі скульптурами, надгробки у вигляді пам'яток і ажурні двері в готичному стилі. Орган, який постраждав під час Другої світової війни, так і не відновили.

Костел здавна вважався місцем спочинку видатних людей. Ремісники і купці так само були поховані біля вівтарів, на які вони давали кошти. Поховання були припинені в храмі після закладки бернардинського цвинтаря на Заріччі.

Всередині храму знаходяться пам'ятники Пятрасу Веселовкису, Владиславу Тишкевичу, а також труну Симона Кирялиса, а так само пам'ятник маршалу Великого Князівства Литовського Станіславу Радвиле. В даний час в храмі ведуться відновлювальні роботи.