Синтоїстське святилище Хаконе-дзіндзя також відомо ще під двома назвами. Перше – Хаконе Гонгэн, друге – Кудзурю-дзіндзя, або Храм дев'ятикупольного дракона. Обидві назви пов'язані з місцевою легендою про чудовисько, яке сидить на дні озера Асі-ноко, будучи прикутим міцним ланцюгом. Згідно з переказами, Гонгэном звали ченця, який здійснював підношення дракону у вигляді барильця з рисом. Чернець на човні доставляв підношення в центр озера і кидав бочонок у воду, а потім повинен був пливти, не обертаючись. Бочонок тим часом зникав у утворився вирі.

Сам дракон до ув'язнення на дні озера прославився тим, що пожирав найкрасивіших місцевих дівчат. Дракона зловив, приборкав і прикував ланцюгом до величезного стовбура кедра, який лежить на дні озера, буддійський чернець Манган. З часом заточеного дракона стали вважати небесним покровителем тутешніх місць, його сльози каяття перетворили води озера Асі в священні, а незаміжні жінки звертаються до бога-дракона з молитвами про кохання і шлюб.

Червоні ворота-торії, споруджені у воді біля берега озера, є одними з ритуальних воріт Хаконе-дзіндзя і називаються «Воротами дракона» і «Воротами світу». У святилище також шанують трьох синтоїстських божеств-ками, які відомі під загальною назвою Хаконэ Окамі.

Спочатку храм був заснований в 757 році на вершині гори Комагатаке, а потім був перенесений на берег озера Асі-ноко. Під час битви при Одавара в кінці XVI століття святилище було спалено військами Тойотомі Хідейосі, але було відновлено в тому ж столітті за розпорядженням Токугави Іеясу. Наступні сегуни Токугава продовжували протегувати храму.

Однією з головних визначних пам'яток храму є алея японських кедрів. Її довжина становить більше кілометра. Вік найстарішого дерева, що росте тут, становить близько шести століть, а його діаметр перевищує 4 метри. Всього тут налічується 1020 дерев, але місцева влада планує подовжити алею з допомогою молодих насаджень. Повітря алеї вважається цілющим.

У храмі також є музей, в якому зберігаються деякі скарби Хаконе-дзіндзя. Поруч з храмом розташовані гарячі джерела - Хаконе Юмото.