Історія монастиря Святого Стефана неодмінно супроводжується згадкою про іншому історичному споруді. Справа в тому, що чоловіче абатство Святого Стефана і жіноче абатство Святої Трійці були побудовані в один час, в одному і тому ж приводу, а ініціаторами їх будівництва стали одні і ті ж люди – майбутній король Англії, герцог Нормандії Вільгельм Завойовник і його дружина Матильда Фландрская.

Вільгельм Завойовник дуже прагнув укласти шлюб з дочкою графа Фландрії Болдуіна П'ятого, проте Католицька церква не розділяла цього прагнення, так як Вільгельм і Матильда складалися один з одним в близькому кровному спорідненні. Незважаючи на це шлюб був укладений без благословення Церкви, і дружини, щоб спокутувати свій гріх, заснували приблизно в середині XI століття два монастиря в місті Кані, в якому знаходилася резиденція герцога. Після своєї смерті Вільгельм і Матильда були поховані в цих аббатствах – відповідно, у церквах Святого Стефана і Святої Трійці.

Абатство Святого Стефана було побудовано з використанням місцевого каменю. Майже відразу в його складі з'явилася церква, а через ще пару століть монастир «приріс» ще кількома будинками. В епоху релігійних воєн монастир був розорений гугенотами, які добралися і до могили Вільгельма Завойовника – з тих пір в усипальниці спочиває тільки одна гомілкова кістка монарха, інші останки були втрачені.

У XVI-XVIII століттях напівзруйноване абатство знаходилося в управлінні ченців-мавристов і поступово відновлювалося. В роки Великої Французької революції монастир був закритий, а церква стала місцем відправлення ритуалів нового культу Вищої істоти. Це тривало всього кілька років, вже в 1802 році церква Святого Стефана освятили заново, а ще через кілька років відновлений монастир прийняв під свої склепіння монахинь ордену визитанток, правда, з ними сусідило світська установа – ліцей. У роки Другої світової війни в монастирі розміщувалися шпиталь і притулок для біженців. З другої половини XX століття і по теперішній час в ньому знаходяться органи муніципальної влади.
Статус історичної пам'ятки абатство Святого Стефана отримало в 1840 році.