Церква Сан-Себастіан знаходиться на вершині пагорба, недалеко від рибного ринку, в північній частині старого міста Лагуш. З цього місця відкривається приголомшливий панорамний вид на бухту. Церква вважається однією з найстаріших і прекрасних церков в місті.

Ще до того, як була побудована церква, на цьому місці в 1325 році стояла каплиця Непорочного Зачаття Пресвятої Діви Марії. У 1463 році єпископ Жуао де Мелло сприяв тому, щоб на цьому місці була побудована церква. В 1490 році за наказом короля Португалії, дона Жуао II, знову було проведено реконструкційні роботи, і церква була розширена. Після цього церкву освятили як церкву Сан-Себастіян (церква святого Себастьяна). На жаль, як це сталося з багатьма історичними будівлями в Португалії, церква була практично зруйнована під час Лісабонського землетрусу в 1755 році. Церкву відновили, а двома століттями пізніше, церква була знову зруйнована землетрусом, яке відбулося в 1969 році. З часом церква знову була відновлена.

Всередині церкви три нави, які розділені доричними колонами. Оригінальний головний вівтар церкви датується XVI століттям. Вівтар складається з чотирьох панелей. Передбачається, що ці панелі створені одним з найвідоміших художників Алгарве в XVI столітті Алваро Диашем. У церкві зберігається старий план міста. У 1828 році до церкви була прибудована башта з дзвоном.

У 1924 році церква Сан-Себастіан була занесена до списку пам'яток національного значення.