Греція вважається батьківщиною західної цивілізації. Це стародавня країна, історія і традиції якої налічують не одне тисячоліття. Греція є колискою науки, культури і освіти. Грецька система освіти зародилася ще в епоху Стародавньої Греції і свого розквіту досягла в 6 столітті до н. е. Вже до 5 століття до н. е. серед вільних афінян важко було знайти неписьменних людей. В простих школах навчали читати, писати, рахувати. Викладали також музику, танці, гімнастику. У закладах більш високого рівня викладали арифметику, риторику, граматику, теорію музики, діалектику, геометрію та астрономію. В 4 столітті до н.е. з'являється і вища освіта. У той час знамениті філософи навчали за плату бажаючих логіки, історії філософії, мистецтву красномовства.

3 травня 1837 року, у резиденції відомого грецького архітектора Стаматиса Клеантеса, був заснований Афінський національний університет імені Іоанніса Каподистрии (Афінський Університет). Університет носить ім'я першого президента Греції. Раніше він був відомий як Університет Оттона. Цей найстаріший та один з найпрестижніших університетів Греції, був першим університетом не тільки Греції, але і Балканського півострова і всього Східного Середземномор'я.

У 1841 році заняття перенесли в новий корпус, спроектований датським архітектором Теофілом фон Хансеном. У старому будинку зараз розташовується Музей історії Університету Афін.

У той час університет мав 4 факультети: теології, права, медицини і мистецтв. Факультет мистецтв включав в себе вивчення прикладних наук і математики. Цікаво, що спочатку для 52 студентів викладала 33 професора.

Важлива зміна в структурі університету відбулося в 1904 році, тоді факультет мистецтв розділили на два факультети: мистецтв і наук. Факультет наук включав фармацевтичну школу, кафедри математики і фізики. У 1919 році відкрилася кафедра хімії, а трохи пізніше фармацевтична школа отримала статус кафедри.

Сьогодні Університет визнаний одним уз найбільших науково-дослідних та педагогічних центрів Європи. Він є другим за величиною вищим навчальним закладом Греції. Навчання в ньому доступно і для іноземних студентів.