Кирило-Челмогорский монастир є скасованим монастирем. Він розташований на південний схід від села Морщихинская Каргопольського району Архангельської області між озерами Лекшмозеро та Монастирським. Зараз від монастиря збереглися тільки руїни.

У 1316 році святий Кирило Челмогорский, чернець новгородського Антонієва монастиря, постійно проживав на горі Челма, що належить чудским земель. У пещерке він провів першу зиму, пізніше побудував дерев'яну келію і каплицю. До кінця життя святого Кирила все місцеве населення було охрещено. Для новонавернених преподобним була побудована церква на честь Богоявлення. Помер святий Кирило у грудні 1368 року. Через 10 років після його смерті, в 1378 році ієромонах Арсеній заснував Кирило-Челмогорский монастир.

У XV столітті був зведений новий Богоявленський храм з вівтарем в ім'я великомучениці Катерини. Іван IV Грозний подарував Кирило-Челмогорскому монастирю орні землі, поля під покоси, ліси, озера і маленькі річки й велів передавати монастирю частину доходів Каргополя. Є версії, що цей монастир була відправлена одна з дружин Івана Грозного. В 1599 році тут насильно були пострижені дружина Дмитра Курлятева-Оболенського і 2 його дочки. У 1612-1615 роках монастир не раз спустошували литовці. У 1633 році митрополит Новгородський і Великолуцького Кіпріан видає Кирило-Челмогорскому монастирю грамоту з благословенням на будівництво двох храмів: Богоявленського і Богородицького. У 1637 році монастир отримує ще одну грамоту з благословенням на зведення III храму над Святими воротами в ім'я Великомучениці Катерини. Храм святої Катерини не згадується в літописах після 1656 року, ймовірно, він згорів. У 1674 році загинула в пожежі Благовіщенська церква, і на її місці була споруджена Успенська. Крім цього, у монастиря було своє подвір'я в місті Каргополя.

У 1727 році збіднілий Кирило-Челмогорский монастир приписали до Спасо-Каргопольскому. У 1732 році монастир став незалежним, але в 1751 році він був знову приписаний до Спасо-Каргопольскому монастирю. У 1764 році, за указом Катерини II, Кирило-Челмогорский монастир був ліквідований. Дві монастирські церкви перетворилися у парафіяльні. У 1844-1845 роках на місці старого Богоявленського храму купець Михайло Миколайович Литкін побудував новий Богоявленський собор з боковим вівтарем в ім'я святого Кирила Челмогорского. У 1845 році будівлі колишнього монастиря були віддані Олександро-Ошевенскому монастирю.

У 1880-х роках Челмогорским монастирем була отримана відносна (але офіційно не підтверджена) самостійність. В 1880 і 1887 роках він переживає пожежі. Богоявленську церкву знову перебудовують у 1897-1899 роках. У 1904 році Святійший Синод дарує монастирю незалежність. В 1917 році Митрополит Петроградський Веніамін благословляє будівництво подвір'я Кирило-Челмогорской Богоявленської пустелі в Петрограді. У червні 1918 року тут провели освячення каплиці в ім'я священномученика Ермогена.

У 1932 році, після затримання ченців і духовенства, Кирило-Челмогорский монастир був навіки скасований, дерев'яні монастирські будівлі розібрані, включаючи Успенську церкву. В даний час від колишнього монастиря залишилися лише руїни. У 2005 році єпископом Архангельським і Холмогорським Тихоном був освячений неподалік від місця, де стояв монастир, поклінний хрест у пам'ять святого Кирила Челмогорского.