Анатомічний музей був заснований в 1924 році Карлом Густавом Юнгом на базі відділення медичного факультету найстарішого швейцарського університету міста Базель. У музеї представлені найцікавіші анатомічні експонати, відреставровані сучасними методами, наприклад, скелет, препарований Андреасом Фезалем ще в 1543 році.

Музей володіє великою колекцією історично цінних, навіть унікальних експонатів, які відіграли важливу роль у розвитку анатомічної науки. Постійні і тимчасові виставки експозиції служать відвідувачам музею, а також студентам-медикам, провідниками в захоплюючій подорожі по людському тілу.

Експонати в музеї систематизовані таким чином, що переходячи від одного до іншого, можна вивчити роботу багатьох систем людського тіла. Наприклад, експонати розділу «Система кровоносних судин» розташовані поряд з моделями серця, а моделі розділу «Нервова система людини» – поруч з головним мозком. Шарнірні моделі, які можна досліджувати власноруч, дають можливість близько все розглянути і зрозуміти принципи роботи людського тіла. Також з 1850 року в музеї представлена колекція воскових моделей.

Музей входить в число 40 музеїв та інших культурних установ міста, що беруть участь в акції «Ніч музеїв», що проходить в Базелі щорічно.