Церква Св. Миколи знаходиться в історичному кварталі, який носить ім'я св. Миколая, і є самим древнім церковним будинком Берліна. Його споруда датується 1220-1230 роками, в цей час церква розташовувалася поблизу місця перетину річки Шпрее з наземним торговим шляхом і мала вигляд трехнефной хрестоподібної базиліки.

У 13-му столітті в ході перебудови вона перетворилася в зальную готичну церкву. У 15-му столітті в ній з'явився вівтар, замовлений гільдією берлінських пекарів. Це заможне стан платило ренту церковним служке, що було дуже суттєвою матеріальною підтримкою. Вигляд церкви залишався незмінним аж до кінця 19-го століття.

Капітальна реконструкція церкви проводилася протягом двох років і була завершена в 1878 році (керівництво роботами здійснював Герман Бланкенштайн). Під час реконструкції фасад церкви був перебудований в готичному стилі, на ньому з'явилася друга вежа, симетрична існуючої.

З 1938 року церква є власністю держави, а частина творів мистецтва було передано в Маріенкірхе, де вони і зберігаються донині. З цього часу церковні служби були припинені.

У період Другої світової війни храм був сильно пошкоджений, але зовнішні стіни споруди встояли. Реставрація велася за старими планами і малюнками, починаючи з 1981 року. В цей період на вежі церкви Святого Миколая встановили куранти-карильйон, що складається з 41 дзвони.

Сьогодні в церкві працює постійна музейна експозиція – філія Бранденбурзького музею, розповідає про історію храму та пов'язаних з ним історичних осіб. Тут можна побачити купіль для хрещення з бронзи, датируемую 1398 роком, вівтар, кафедру в стилі бароко. Внутрішні приміщення відрізняються чудовою акустикою, тому використовуються в якості концертного залу органної музики (в церкві є три діючих органу).