Морський музей розташований в районі Мінато Міраї і присвячений морської історії Японії. Він був відкритий у 1993 році. Головний експонат музею – морський навчальний вітрильник Nippon Maru, який був спущений на воду в 1930 році, а зараз знаходиться у підніжжя вежі Лендмарк Тауер.

Музей належить великої судноплавної компанії NYK Line, історія якої бере початок у 1870 році. В даний час її флот налічує 776 судів, представництва компанії відкриті в 27 країнах світу, в тому числі в Росії. Компанія входить до Mitsubishi Group.

Музей розповідає про історію Йокогами як одного з портів Японії, які в XIX столітті були відкриті для міжнародної торгівлі. Вважається, що відкриття Японії решті світу відбулося багато в чому завдяки йому Метью Перрі, політику і офіцерові Військово-морських сил США. У 1852-1854 рр. він успішно провів дві дипломатичні місії, у результаті яких між США і Японією був підписаний Канагавский договір, послабив самоізоляцію Країни висхідного Сонця. Експедиції Перрі були четвертою і п'ятою спробою США встановити торгові і дипломатичні відносини. Перрі було наказано застосувати силу, якщо Японія відмовиться від проведення переговорів. Його кораблі стріляли в повітря і випускали клуби чорного диму, тому японці прозвали ескадру «чорної».

Експозиція музею розповідає про те, як розвивалося японське і світове суднобудування з середини XIX століття, про сучасні технології в цій галузі та про значення порту Йокогама. Тут представлені велика колекція моделей сучасних і старовинних суден, зібрання книг про суднобудуванні.

Вітрильник Nippon Maru – чотирищогловий корабель завдовжки 300 футів. За роки своєї роботи пройшов, за підрахунками фахівців, 1, 8 млн. кілометрів і в якості навчального судна підготував до морської служби близько 11, 5 тисяч осіб. Був спущений на воду в січні 1930 року. Після закінчення Другої Світової війни його використовували для репатріації людей з колишніх колоній Японії. У 1984 році Nippon Maru завершив службу і був пришвартований біля підніжжя Вежі Лендмарк.