Миколаївська церква є єдиною спорудою Старого міста в Кам'янці-Подільському, яке дійшло до нас з XIV століття практично в незміненому вигляді. Церква була побудована в 1398 році вірменськими поселенцями, якими керував Сінан Хутлубей, на основі більш старого святилища. У різні періоди своєї історії церква називалася Миколаївської, після - Благовіщенській каплицею, а потім знову – Миколаївською церквою. В епоху турецького панування будівля прийшла в занепад, і лише з початком XVIII століття почалося відродження храму. Вірменином Богданом Литыновичем на власні гроші храм був відновлений і, забезпечений начинням.

В кінці 19 століття до храму було прибудовано притвор, укріплені за допомогою залізних сил склепіння і стіни, по обидва боки будівлі споруджені огорожі з каменю з проходами, так званими, аркбутанів. Вхід в церковну садибу був увінчаний дзвіницею. Через високу дзвіницю проходить ведуча до центрального входу церкви алея з фрагментів мармурових плит. До 62 роки минулого століття двері храму були відкриті для парафіян, пізніше храм перетворили на склад. Спочатку це була греко-католицька церква, потім її передали православним. З 1990 року церква передана Української православної церкви.

Присадкуватий, суворий образ храму як не можна краще доповнюють невеликі віконця-бійниці і міцні контрфорси, які підпирають стіни. Один з цих контрфорсів має вмонтований традиційний кам'яний вірменський хрест-хачкар. Товщина стін цієї невисокою церкви оборонного типу - близько півтора метрів! Спорудження відрізняє відсутність декору як зовнішнього, так і внутрішнього. Територію пам'ятки оточує кам'яна стіна зі сходу, півночі і півдня. В період з 1991 по 1997 рр. в церкві проводилися реставраційні роботи.