Будівництво монастиря Нинна-дзі почав у 886 році один імператор - Кеке, а завершив через два роки після смерті попередника іншого – Уда. Після зречення від престолу імператора Уда сам прийняв постриг і пішов у ченці. З-за того, що відставний імператор прожив тут залишок своїх днів, монастир отримав неофіційну назву «Старий імператорський палац Омуро». Офіційна ж назва Нинна-дзі перекладається як «Монастир людяною гармонії».

З часів заснування храму і до другої половини XIX століття настоятелями монастиря ставали сини імператорів, які брали обітницю чернецтва по волі своїх батьків.

Монастир тричі проходив випробування вогнем: при пожежі в 1119 році комплекс втратив більшу частину своїх будівель, а в смутний час Онин (1467-1477 роки) на його місці залишилося лише згарище. Він був відновлений тільки в XVII столітті, та й то не повністю. Про те, наскільки великі були монастирські володіння, свідчать 88 макетів паломницьких храмів, що колись стояли на його території, які встановлені за садом. У 1887 році згоріла частина будівель Нинна-дзі, однак реставрація почалася лише через більше двох десятків років.

Сьогодні Нинна-ji temple є головним монастирем буддійської секти Сингон-Омура і знаходиться в районі Уке старої японської столиці. Головна святиня Нинна-дзі – статуя Будди Аміда. Головний храм монастиря Нинна-ji temple є об'єктом Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО, а деякі його будівлі та зберігаються в ньому раритети мають статус національного надбання Японії - зокрема, Кондо - головний зал храму, дерев'яне зображення Будди, зображення на шовку божества Кудзяку та інші. Зсередини храм прикрашений унікальними живописними полотнами та іншими творами мистецтва.

Територія храмового комплексу розділена кількома високими стінами. В південно-західній його частині знаходяться ставок і павільйони, в яких зберігаються скарби і старовинні твори мистецтва. На північ розташований головний зал Кондо, п'ятиярусна пагода і вишневий садок, де багато років культивують сорт Омуро Черрі, які зацвітає пізніше всіх. При храмі розташована школа ікебани Омуро.