Міський музей Кобе був відкритий у 1982 році. Це один з багатьох музеїв в Японії, які існують за підтримки муніципалітету. Він розташований у будинку, побудованому в стилі неокласики в 1935 році. Будівля музею нагадує грецький храм з доричними колонами на фронтоні. До музею в ньому розташовувався філія банку Токіо. Будівля постраждала під час Великого землетрусу Хансин 1995 року, проте вже через рік після реставрації музей відновив свою роботу. Примітно, що колекції музею, в тому числі, які там зберігаються національні скарби, не постраждали.

Зібрання музею об'єднало колекції двох музеїв – музею археології та мистецтва і муніципального музею мистецтва Намбан XVI століття (або «південних варварів», як називали в Японії всіх іноземців, на початку португальців, а потім інших європейців, які селилися на півдні країни).

Колекція налічує 39 тисяч предметів, серед яких археологічні знахідки, твори мистецтва, старі географічні карти та історичні документи, а також артефакти, пов'язані з історією міста Кобе. Історія міста тут представлена, починаючи з найдавніших часів до землетрусу 1995 року і наступного відновлення міста. В окремій експозиції представлені предмети, виявлені в районі Кітано-ті на тих землях, які колись належали іноземним концесій.

Так як Кобе з давніх часів є портом міжнародного значення, було вирішено визначити концепцію міського музею як взаємодія східної і західної культур. В експозиціях музею представлена історія культурного обміну Японії з країнами Східної Азії – Кореєю, Китаєм, а також культура Японії періоду Едо, коли прямі зв'язки з іншими країнами практично відсутні, і періоду Мейдзі, коли європейська культура зробила, можливо, найбільш відчутний вплив на життя японців.