Манчестерський музей входить до складу Манчестерського університету. Його колекції нараховують більше шести мільйонів експонатів, і музей виконує функції як науково-дослідного центру, так і музею, відкритого для відвідування публіки.

В основу музейної експозиції лягли колекції Манчестерського Суспільства Природної Історії і Манчестерського Геологічного товариства, зібрані в XIX столітті. У 1867 році з-за фінансових труднощів товариства передали ці колекції Коледжу Оуена (нині – Університет Манчестера). Для будівництва нової будівлі музею коледж запросив Альфреда Уотерхауза, автора архітектурного проекту Лондонського музею Природної Історії.

У 1912 році експозиція музею істотно розширилася за рахунок «єгипетських колекцій», переданих музею місцевим промисловцем Джессом Ховартом, який спонсорував археологічні розкопки і дослідження.

Музей постійно розширюється, набуваючи нові експонати і збільшуючи свої площі. У 1997 році музей отримав грант в 12, 5 мільйонів фунтів, і в 2003 році відкрився після масштабної реконструкції. Останнє помітне придбання музею - копія скелет тиранозавра на прізвисько Стен.

Музей знаменитий своїми энтомологическими та мінералогічними колекціями, а колекція молюсків – найбільша у Великобританії.

Особливий інтерес представляє колекція, присвячена мистецтву стрільби з лука та нараховує понад 2000 експонатів з Європи, Азії і Африки.