В історії Японії були часи, коли правителі сприяли поширенню християнства, і періоди, коли привезене з-за океану віровчення виявлялося в опалі, а його послідовники піддавалися жорстоким гонінням. В XV і XVI століттях християнство швидко поширювалося на островах архіпелагу, але в кінці XVI століття виявилося під забороною, і жителі Японії сповідували його таємно. Жителі Нагасакі були змушені щороку доводити, що не є християнами. Для цього їм пропонували зневажати зображення Ісуса Христа і Божої Матері, і цей ритуал їм доводилося проходити до середини XIX століття. В цілому християнство було заборонено в Японії на цілих два з половиною століття, за цей час були страчені, закатовані або вислані з країни тисячі людей, які сповідували цю релігію.

5 лютого 1597 року в Нагасакі були публічно страчені за місіонерську діяльність 26 осіб, серед яких були 20 японців, чотири іспанця, а також мексиканець і індієць. За наказом правив тоді сьогуна Тойотомі Хідейосі заарештованих християн катували, потім привели в Нагасакі і розіп'яли на хрестах, встановлених на пагорбі Нисидзака. Після страти загиблих мучеників стали почитати як святих і визнавати за ними різні чудесні діяння. Через сто років після їх канонізації в 1962 році на пагорбі було відкрито пам'ятник і музей. 6 лютого Католицька Церква в Японії відзначає день їх пам'яті.

В колекції музею містяться важливі історичні документи, привезені з Європи і складені в самій Японії, твори мистецтва періоду раннього християнства в Японії. Експозиції в хронологічному порядку знайомлять відвідувачів з періодом раннього християнства, часом гонінь на християн і життям таємних католиків в період самоізоляції держави.

В даний час християнство є третьою з головних релігій в Японії після буддизму і синтоїзму. На початку XXI століття в країні налічувалося близько 2, 5 мільйонів християн, в основному католиків.