Якуси-дзі – ще один буддійський храм, який був перенесений в Нару разом з іншими державними і релігійними будівлями з колишньої столиці. Він був заснований в 680 році імператором Тэмму, щоб молитися Якуси - Будді медицини про одужання дружини. Дружина імператора зцілилася, але будівництво затяглося, і сам імператор, якому вже не допомогли ніякі молитви, не дожив до його закінчення. Храм був завершений у 697 році.

В 710 році храм почав свій переїзд у новий столичний місто Хэйдзе-ке, нинішню Нару. Цей процес затягнувся на цілих вісім років. У новій столиці храм вважався дуже впливовою і по силі свого впливу навіть конкурувало з іншим найбільшим храмом міста Кофукудзі.

Однією з головних визначних пам'яток храму є скульптурна група з трьох статуй – Будди Якуси Нера і двох його помічників бодхісатв Нікко і Гакко. Вони символізують світло місяця і світло сонця, а їх присутність поряд з Буддою вважається запорукою того, що він чує молитви спраглих зцілення і вдень, і вночі. Безпосередньо в храмі до Будди Якуси могли звертатися тільки члени імператорської прізвища і аристократи. Для простолюдинів доступ до цих статуй був закритий. Вони могли звернутися до богині милосердя Каннон, фігура якої була встановлена в окремому залі Тоиндо. Милосердна Каннон була дуже популярна серед жителів Нари і паломників.

Скульптури Якуси Нера і бодхісатв перебувають у молитовному залі Кондо. Висота статуї сидячого Будди становить 2, 5 метра, його супутники зростанням більше трьох метрів. Цю бронзову тріаду, відлиту з бронзи, відрізняє висока реалістичність і деталізація. П'єдестал, на якому сидить Будда, прикрашений барельєфами і орнаментами з зображеннями фігур людей і чотирьох тварин (дракона, тигра, фенікса і черепахи), які за китайською традицією символізують сторони світу, а також всеосяжне милосердя Будди.

Храм Якусидзи пережив кілька пожеж, а в 1528 році згоріли всі його будови, крім східної пагоди, яка зараз вважається найдавнішим дерев'яним будинком у світі. У пагоди всього три яруси, але здається, що їх удвічі більше – з-за додаткових дахів, які споруджені під дахом кожного ярусу.

Більшість храмових будівель було відновлено в XVII столітті, а головний зал реконструювали в 1970 році.