Була побудована в 1590-1592 рік старостою Єврейського міста Мордехаєм Майзлом, який фінансував широку розбудову гетто в стилі Ренассанс. Синагога була побудована під керівництвом Йозефа валу і Іуди Голдшмида де Герц. Первісним будівлі було завдано великої шкоди під час пожежі 1689 року, після чого будівля була відновлена в стилі Бароко. Після перебудови у неоготичному стилі за проектом А. Гротта в 1893-1905 року синагога в чому втратила риси Бароко. Від первісної диспозиції в стилі Ренесансу збереглася тринефна планування головного нефа і надбудовані жіночі галереї.

В даний час Майзелова синагога служить в якості виставкового приміщення і сховища Єврейського музею. Перша частина виставки Історія євреїв в Чехії і Моравії з заселення до початку емансипації ілюструє хід історії євреїв в Чеських землях з Х століття до кінця XVIII століття. Вступна частина знайомить з історичними відомостями про виникнення єврейського поселення в Чехії та Моравії. А також з правовим та соціальним становищем еврееев в середньовічному державі. Особлива увага приділяється епохи Ренесансу, пов'язаного з будівництвом синагог, так з ім'ям засновника Мордыхая Майзла. Традиційну єврейську освіченість представляють твори видатних вчених, які займали місця рабинів і ректорів талмудичних шкіл в чеських і моравських єврейських громадах (раббі Ліва, Давид Оппенгейм).