У 1921 році після приєднання Трансильванії до Румунії у відповідності з положеннями Договору про вступ Румунії у Першу світову війну заснований в 1872 році університет міста Коложвар (пізніше Клуж-Напока) в Трансільванії з навчанням угорською мовою був переведений в Сегед. До 1940 року в університеті велося навчання на чотирьох факультетах: медичному, математики та природничих наук, юридичному, а також факультеті мистецтв, мов та історії. В цей час одним з професорів університету був Альберт Сент-Дьерди - нобелівський лауреат з фізіології і медицині 1937 року.

У 1940 році, згідно з рішенням Віденського арбітражу, Румунія повинна була поступитися Угорщині частину Трансільванії, і університет був переведений назад у Клуж-Напока, що і було зроблено, проте в той же час в Сегеді був відкритий новий Королівський університет імені Міклоша Хорті, який по закінченні війни отримав назву Університету Сегеда. У 1951 році був скасований медичний факультет - на його основі був створений медичний інститут. У 1962 році університет отримав ім'я угорського поета-революціонера Аттіли Йожефа, який у 1924 році вступив до Сегедського університету, але був виключений за політичні вірші.

У 2000 році університету Сегеда чекала нова реорганізація, внаслідок якої відбулося об'єднання університету, медичного університету та кількох інших навчальних закладів в єдиний університет Сегеда.

Одна з визначних пам'яток Кафедральній площі - музичні години, розташовані на стіні будівлі університету навпроти Кафедрального собору. Ці унікальні годинники – робота годинникаря Ференца Цури і різьбяра по дереву Йожефа Кулая.