Ватиканські палаци утворюють один з найбільш чудових монументальних архітектурних комплексів світу. Їх будівництво почалося в XIV столітті з метою створення папської резиденції, гідної їх високого статусу. Первісна резиденція пап перебувала в Латерані, потім вона була переведена в Авіньйон. Григорій XI був першим папою, який оселився у Ватикані; його наступники продовжили розширення і благоустрій палацового комплексу. Так, при папі Олександрі V в 1410 році був побудований "коридор", що з'єднав палац замку Сант-Анджело.

Але найбільший внесок у будівництво та формування комплексу розкішних палаців був внесений папою Миколою V. Серцем комплексу є, без сумніву, квадратна будівля, що оточує Двір Паппагалло (папуги), над створенням якого працювали такі знамениті архітектори, як Леон Баттіста Альберті і Бернардо Rossellino. Капела Никколина, присвячена Св.Стефану і Св.Лоренцо, прикрашена фресками Фра Анжеліко.

Всесвітньо відома Сікстинська капела була створена в 1473-1480 роках при папі Сиксте IV. Її автором був архітектор Джованні де Дольчі, який для цієї мети використовував колишню Палатинскую капелу. Папа Інокентій VIII дав вказівку побудувати для себе невеликий палац - Палаццетто, на найвищій точці садів Бельведера. Палац здобув велику популярність завдяки картинам Андреа Мантенья, які були втрачені в процесі перепланування палацу, розпочатої архітектором Браманте, і пізніше при будівництві Музею Піо-Клементино у часи правління папи Пія VI.

Коли папа Олександр VI влаштувався в палаці Миколи V, були знову розпочато роботи з розширення папського двору, які завершилися зведенням вежі Борджіа, названої по імені роду, до якого належав тато. Але найбільш значні перетворення сталися одночасно з великомасштабними містобудівними роботами, зробленими татом-меценатом Юлієм II, який доручив Браманте здійснення проекту по з'єднанню палаців Миколи V і Інокентія VII. В результаті цього проекту виникла Двір Бельведера, перспективу якого закриває ніша Пирро Лигорио (1560 р.), яка замінила экседру з двома сходами, виконану Браманте.

Йому ж належить проект Лоджій Двору Сан Дамази, які завершив і прикрасив фресками Рафаель. Завдяки цим перетворенням фасад папського палацу тепер виходить на площу Святого Петра. Також у часи правління папи Юлія II, між 1509-1512 роками, Мікеланджело виконав фрески зводу Сікстинської капели, а Рафаель в 1508 році приступив до розпису Станц (парадних кімнат), закінчивши цю роботу в 1524 році.
Після жорстокого розграбування Риму, яке якоюсь мірою призупинило здійснення грандіозного проекту Юлія II по реконструкції міста, роботи у Ватиканських палацах були відновлені за папи Павла III, який доручив архітектору Антоніо да Сангалло Молодшому будівництво Капели Паоліна, Зали Ducale і Залу Реджа. Мікеланджело, отримавши замовлення на розпис капели Паоліна, продовжував працювати над фресками Сікстинської капели.

Розквіт бароко збігся з часом правління папи Сикста V і пов'язаний з архітектором Доменіко Фонтана, за проектом якого була побудована сучасна резиденція папи, а Бельведер "прорізає" Поперечним двором (тепер місце Сікстинського залу Бібліотеки). У XVII столітті за папи Урбана VIII з проектом Берніні почалося будівництво знаменитої Сходи Реджа (Скеля Реджа), а також Залів Паолины в Бібліотеці і Архівах.

У наступному столітті були здійснені великі перетворення по створенню музеїв Ватикану. Так виникли Музей церковного мистецтва (Музео Сакро) і Музей світського мистецтва (Музео Профано), суміжні з Бібліотекою; Музей Піо-Клементино, створений за проектом Мікеланджело Симонетти і Джузеппе Кампорезе (1771-1793 рр.); Музей Кьярамонти, пов'язаний з ім'ям Антоніо Канови (1806-1810 рр.); новий будинок - Браччо Нуово, виконане за проектом Рафаеля Штерна за папи Пія VII.

У ХХ столітті з ініціативи папи Пія XII, під Собором Св. Петра були проведені археологічні дослідження, а за папи Івана XXIII розпочато будівництво нових залів для розміщення колекції Музею Латеранського палацу.