Місто Ханья був побудований венеціанцями на початку XIII року на місці стародавнього поселення Кидония. Свідченням тієї епохи є цілий квартал в старому місті з примітними венеціанськими будівлями і кріпосними стінами в районі порту з його чудовим маяком, де сьогодні зосереджені адміністративні, культурні та туристичні центри. На території міста збереглася частина фортифікаційних споруд – бастіони, рів, залишки захисних стін.

Археологічний музей міста знаходиться в венеціанської церкви св. Франциска. Тут представлені експонати, знайдені на західному Криті і в інших районах острова, що відносяться до історичних періодів від неоліту до римського періоду включно: статуї і статуетки, зброя, кераміка, кам'яні печатки, монети, прикраси та багато іншого.

У місті знаходиться Історичний архів Криту з найбагатшим зібранням матеріалу з історії острова, етнографічної експозицією – другий за значимістю історичний музей країни.

Морський музей Кріту розміщується в гавані. Його експонати розповідають про славну історію міста.