Міський музей Загреба був заснований в 1907 році. На дев'яностому році його існування, 1997, Музей відкрив шосту постійну виставку, яка проходила вперше у відновленому і відповідному приміщенні з використанням сучасних технологій. На виставці було представлено минуле міста Загреба від передісторії, сліди якої були зовсім недавно виявлені під будівлею самого музею, до сьогоднішнього дня.

Поєднання тематическогоси хронологічного підходів, а також застосування сучасних музееведческих і технологічних принципів, підвищили інтерес відвідувача до Міського музею Загреба сьогодні. Постійна виставка дає портрет міста у всіх його аспектах, висвітлюючи політику, церква, історію, економіку та бізнес, містобудування і архітектуру, історію мистецтва і літератури, розваги і щоденне життя. Різноманітність тим і експонатів, які варіюються від раритетних речей до садового приладдя, від мистецьких до популярних, надають музею особливий шарм. Завдяки своїй тематичній послідовності виставка призводить відвідувача в багату життя Загреба і демонструє зміни його міського ландшафту.

Будинок, у якому зараз розміщується музей, колись було монастирем кларисок (1650), і саме по собі є історичним пам'ятником великого значення. Під час ремонту приміщення (1989-1997) археологами були проведені додаткові розкопки, які принесли нові відомості. Тому постійна експозиція починається з інтерпретації археологічних знахідок, які представлені в тому самому місці, де вони були знайдені. Музеєм представлені доісторичні поселення, збудовані у 7 столітті до н. е.., тобто в епоху раннього Залізного віку, а також будинок і майстерню культури пізнього Залізного століття.

У музеї представлено сорок п'ять тим у цікавій, послідовної та документованої манері. Кожен період проілюстрований характерними об'єктами, що дає відвідувачеві яскравий портрет Загреба, починаючи з легенди про походження назви міста, розповідаючи про життя Середньовічного Градця, різних символах міста, і закінчуючи розповіддю про церкви Св. Марка.

Музей реставрував магазини і вітрини магазинів Илицы, відтворивши відчуття повсякденному житті цієї найважливішої торгової вулиці 19 століття. Особливу увагу звернено на містобудівну програму «Зелена підкова» з моделями найбільш важливих будівель, взятих з плану Загреба, створюючи типову атмосферу періоду кінця 19 століття.

20 вік представлений характерними записами, що розповідають про найбільш важливих і цікавих подій, характерних для цього періоду, у тому числі про життя в Загребі під час першої і другої світових воєн, про страх і невпевненість, які пережило місто у 1945 році.

Міський музей Загреба був номінований на звання «Європейський музей року» в 2000 році.