Загребський університет є найбільш старим не лише на території Хорватії, але і в Південно-Східній Європі. Датою офіційного його заснування вважається 23 вересня 1669 року, коли римський імператор і угорсько-хорватський король Леопольд I видав закон, що визнає привілеї і статус університетського навчального закладу колишньої єзуїтської академії, яка діяла на території вільного королівського міста Загреба, колишнього столицею Королівства Хорватії і Славонії. Ця дата є початком історії Загребського університету в його боротьбі за втілення в життя отриманих прав та здобуття гідного місця серед авторитетних і представницьких університетів і академій в Центральній Європі.

Історія Загребського університету в сучасному його вигляді починається з ініціативи джяковского єпископа і відомого хорватського мецената Йосипа Юрая Штроссмайера, коли він у 1861 році запропонував організувати в університеті чотири факультети: медичний, теологічний, філософський та юридичний. Дана пропозиція розглядалася протягом кількох років, і в 1874 році хорватський парламент прийняв цю ініціативу і видав постанову «Про університет». У тому ж році університет змінив назву і став називатися Сучасним університетом Загреба.

З 1990-х років університетом була отримана велика автономія, в цей же час почалося приєднання до Болонського процесу.