Церква Святого Томи є одним з найстаріших храмів Лейпцига, який відомий завдяки тому, що в 1539 році в цій величній будівлі проповідував Мартін Лютер, «батько» Реформації. У XVIII столітті на протязі тридцяти років тут служив кантором місцевого хору відомий німецький композитор Йоганн Себастьян Бах. Тут знаходиться його молила - прах великого композитора був перенесений сюди в 1949 році і похований під бронзовою надгробної плитою.

В результаті проведених раніше археологічних розкопок було встановлено, що на місці церкви Святого Фоми раніше розташовувався романський храм, який виник ще в XII столітті. Деякі фрагменти, представлені частинами фундаменту, датуються 1160 роком і зберігаються у вівтарі церкви. У 1355 році стародавній храм був перебудований вже в готичному стилі.

Після церква чекало ще кілька перебудов, але з кінця XV століття і на протязі чотирьох років вона залишалася незмінною, за винятком однієї з веж, яка була перебудована в 1702 році. Дах храму має досить крутий кут нахилу, досягає 63 градусів, серед внутрішнього оздоблення нічого не збереглося з інтер'єру в стилі бароко, в результаті реконструкції XIX століття все було замінено на неоготичний декор.

Всередині церкви Святого Фоми розташована мармурова купіль із зображеннями різних біблійних сцен, виконана Францем Детебером. На стінах вівтаря знаходяться старовинні портрети пасторів міста, найбільш ранні з яких датуються 1614 роком. Різьблена дерев'яна кафедра – одна з небагатьох речей, що збереглася з часів життя Баха. У храмі також є надгробні плити доби XV-XVI століть, найстаріша з них лицареві належить Герману фон Харрасу.

В результаті військових дій 40-х років XX століття церква Святого Томи практично не постраждала. Був втрачений тільки один вітраж храму, який був замінений у 2000 році на новий, створений архітектором Хансом-Готфрідом фон Штокхаузеном.