Ідея створення Археологічного музею у місті Альмерія виникла ще в першій половині 19 століття. До 1837 році з найближчих до міста і його околицях монастирів вдалося вилучити 196 картин, а також старовинні монети і надгробні плити, ювелірні вироби та посуд, що відносяться до періоду арабського панування на території Іспанії. Але з ряду невідомих причин відкриття музею в той період так і не відбулося. Згодом значна частина цих артефактів склала музейні колекції за межами Альмерії і навіть за кордоном.

Проголошення Другої Іспанської Республіки послужило тому, що в 1933 році в Альмерії все-таки був відкритий Археологічний музей, який розмістили в будівлі науково-дослідницького інституту. Початкові колекції музею склали археологічні пам'ятки, знайдені при розкопках в Альмерії і її околицях. У 1934 році музей вже почав співпрацю з іншими музейними фондами країни. У 1979 році у зв'язку з розширенням колекцій музей було перенесено в будинок, в якому розташовувався коледж Святої Діви Марії дель Мар.

В 1998 за проектом архітекторів Ігнасіо Гарсія Педроса і Анжела Гарсіа де Паредес було зведено нову будівлю музею, що відповідає сучасним вимогам. Внутрішні приміщення нового корпусу, просторі і світлі завдяки використанню ретельно продуманої системи природного освітлення, відрізняються мінімалістським дизайном, чіткими геометричними лініями і просторовим обсягом. Колекції Археологічного музею Альмерії представлені експонатами, починаючи від епохи палеоліту до мавританського періоду панування на Піренейському півострові.