Музей андських святилищ був створений у 1996 році, після важливих археологічних досліджень за проектом "Святині висоти Sur Andino", очолюваного доктором Йоханом Реинхардом і Хосе Антоніо Чавесом. У музеї розміщується заморожена "мумія Хуаніти" та інші предмети культури інків.

У ході досліджень, проведених Католицьким університетом Санта-Марія протягом чотирьох десятиліть в районі Арекіпа, було знайдено багато археологічних артефактів, які сьогодні виставлені у семи залах музею. Всесвітньо відома мумія "Хуаніта, дівчина в льоду" з її приданим - один з найвідоміших експонатів музею, який можна побачити з 1 травня по 31 грудня кожного року. Решта чотири місяці Хуаніта знаходиться в повній темряві, для кращого збереження замороженого тіла дівчини (її тіло не було піддано процесу муміфікації). Хуаніта, також відома як Леді Ампато, була знайдена в 1995 році на схилі вулкана Ампато на висоті 5800 метрів над рівнем моря. Радіовуглецеве дослідження Хуаніти показало, що їй 530 років, більш точний час поховання – 1466 рік нашої ери.

Відвідувачі музею можуть побачити експонати, виконані з деревини, металу, текстилю, золота та кераміки, які були використані в церемоніях інків Капак Коча, Віракоча, а також золоті та керамічні статуетки, добре збережені ковдри.

В даний час науково-дослідний центр UCSM при Католицькому університеті Санта-Марія-де-Арекіпа має 6 спеціальних морозильних камер, з температурою 26°C нижче нуля, а також два спеціальних виставкових стенду з підтриманням такої температури та комп'ютерним контролем оператора. Також в залах музею встановлена система кондиціонування для збереження археологічних матеріалів.