Благовіщенський собор міста Біробіджана є першим кам'яним храмом за всю історію цього регіону.

У квітні 1990 р. на території Єврейської автономної області завдяки зусиллям місцевих жителів в Києві був утворений парафію на честь Апостола Якова, брата Господнього. Для проведення богослужінь приходу виділили стара дерев'яна будівля на вулиці Кірова, де раніше розміщувався народний суд. Однак незабаром дерев'яна будівля настільки постарів, що стало небезпечним для життя парафіян. В результаті чого було прийнято рішення знести стару дерев'яну будівлю, а на його місці побудувати новий кам'яний собор в ім'я Благовіщення Пресвятої Богородиці.

Будівельні роботи почалися у квітні 2003 р. В липні того ж року, коли закінчився нульовий цикл, під фундамент східної стіни храму були покладені частини труни великої княгині Єлизавети Федорівни, святі мощі князів Феодора і його чад Костянтина і Давида, Ярославських чудотворців. У вересні 2004 р. соборні голови увінчали хрестами, після чого була відслужена літургія.

У нижній частині храму влаштували церкву на честь святого апостола Якова і крестильню, які освятив єпископ Йосип в серпні 2005 р. Головний престол, названий у честь Благовіщення Пресвятої Богородиці було освячено у вересні 2005 р. В Благовіщенський собор з хресним ходом були перенесені головні святині єпархії - мощі святого Інокентія, митрополита Московського, і шанований список Іверської ікони Божої Матері, який був написаний на святій горі Афон.

До закінчення 2005 р. завершилося будівництво господарського корпусу. Навесні 2005 р. при кафедральному соборі почали зводити двоповерхова будівля Соціально-просвітницького центру Birobidžanskij єпархії. Будівельні роботи закінчилися у вересні 2006 р., після чого будівля було урочисто освячено.